如果非法捕捞案已经起诉到检察院，案件已进入刑事诉讼的公诉阶段，此时需重点关注案件进展、积极配合调查并准备辩护策略。以下是具体分析：

1. 案件已进入公诉阶段，检察院将审查起诉

• 检察院收到公安机关移送的案件后，会审查证据是否充分、定性是否准确。若认为构成犯罪，将向法院提起公诉；若认为证据不足或情节轻微，可能作出不起诉决定。
• 关键点：此时案件已脱离行政处罚范畴，进入刑事程序，需严肃对待。

2. 当事人或辩护人可采取的行动

• 委托律师介入：律师可查阅案卷、会见当事人、与检察院沟通，提出无罪或罪轻的辩护意见（如捕捞工具、数量、区域是否符合犯罪标准，是否存在从轻情节如自首、立功等）。
• 申请取保候审：若当事人被羁押，律师可协助申请取保候审，争取暂时释放。
• 参与认罪认罚从宽：若证据充分且当事人认罪，可与检察院协商量刑建议，争取从宽处理（如缓刑、减轻处罚）。

3. 可能的结果及应对

• 提起公诉：案件将移送法院审理，需准备庭审辩护，重点围绕证据合法性、犯罪构成要件、量刑情节等展开。
• 不起诉决定：若检察院认为不构成犯罪或情节轻微，可能作出不起诉决定，案件终结，但需注意是否涉及行政处罚（如渔业资源赔偿）。
• 退回补充侦查：若证据不足，检察院可能退回公安机关补充侦查，此时需关注补充证据是否合法、是否有利于当事人。

4. 特别注意事项

• 禁止毁灭证据或串供：刑事诉讼中，任何干扰司法程序的行为都可能加重处罚。
• 关注生态修复情节：若主动赔偿渔业资源损失、参与生态修复，可能作为从轻情节被法院采纳。

建议：立即委托专业刑事律师介入，全面分析案情，制定辩护策略。若需进一步讨论案件细节或法律帮助，可直接向我咨询。