非法捕捞水产品案中，是否起诉并非由检察长单独决定，而是依据法律规定和案件具体情况综合判断。
在非法捕捞水产品案中，检察长作为检察机关的负责人，对案件的处理有一定的决策权，但并非起决定性作用的唯一因素。案件的处理需要综合考虑多个方面，包括犯罪嫌疑人的犯罪情节、社会危害性、认罪认罚态度以及法律规定等。
法律规定：根据《中华人民共和国渔业法》等相关法律法规，非法捕捞水产品属于违法行为，情节严重的可能构成犯罪。对于构成犯罪的，检察机关可以依法提起公诉。但并非所有非法捕捞水产品案都会提起公诉，这需要检察机关根据案件具体情况进行判断。
案件具体情况：检察机关在决定是否起诉时，会综合考虑犯罪嫌疑人的犯罪情节、社会危害性、认罪认罚态度等因素。如果犯罪嫌疑人犯罪情节轻微，社会危害性不大，且认罪认罚态度较好，检察机关可能会作出不起诉决定。
不起诉不代表不处罚：即使检察机关作出不起诉决定，也并不意味着犯罪嫌疑人无需承担任何法律后果。根据“行刑反向衔接”机制，检察机关可以将案件移送至行政检察部门或相关行政执法部门，由其对犯罪嫌疑人进行行政处罚。例如，罚款、没收违法所得、吊销许可证等。
综上所述，非法捕捞水产品案中是否起诉并非由检察长单独决定，而是依据法律规定和案件具体情况综合判断。如果犯罪嫌疑人面临此类问题，建议积极配合检察机关和行政执法部门的工作，认罪认罚，争取从轻或减轻处理。同时，也应加强法律意识，遵守相关法律法规，避免再次触犯法律。