农村修高标准农田造成的损失，具体由谁来赔偿需分情况讨论：

1. 因政府或相关部门规划、管理不当导致的损失
   如果损失是由于政府或相关部门在规划、审批、管理过程中存在过错（如未依法进行环境评估、未合理规划施工范围等），根据《民法典》第1165条关于过错责任原则的规定，应由有过错的政府部门或相关单位承担赔偿责任。这种情况下，受损方可以通过行政诉讼或民事诉讼主张权利，要求赔偿实际损失（如土地恢复费用、农作物减产损失等）。

2. 因施工单位违规操作导致的损失
   若损失是因施工单位未按设计要求施工、违反安全规范（如爆破作业损坏周边土地、施工机械碾压农田等），根据《民法典》第1184条关于侵权责任的规定，施工单位需承担直接赔偿责任。受损方可要求其赔偿土地修复费用、农作物损失等，并可主张因施工导致的间接损失（如误工费、土地闲置损失等）。

3. 因自然灾害或不可抗力导致的损失
   如果损失是由地震、洪水等不可抗力因素引发，且政府或施工单位已尽到合理管理义务，根据《民法典》第180条关于不可抗力的规定，通常无需赔偿。但若政府或施工单位未采取必要防护措施（如未加固堤坝、未设置排水系统），导致损失扩大，则需对扩大部分承担相应责任。

4. 因土地权属争议导致的损失
   若损失涉及土地权属不清（如施工范围与村民承包地边界争议），根据《土地管理法》第14条关于土地权属纠纷处理的规定，应先由乡镇政府或县级政府确权。确权后，若因侵权行为导致损失，由侵权方赔偿；若因政府确权程序违法导致损失，可申请行政赔偿。

建议行动步骤：

• 立即固定证据（如拍照、录像、保存施工合同、政府文件等）；
  
• 联系村委会或乡镇政府协调处理，要求责任方出具书面赔偿方案；
  
• 若协商无果，可向当地农业农村局或自然资源局投诉，或直接向法院起诉主张赔偿。
  

如有进一步细节（如损失类型、责任方身份等），可随时补充说明，我会为您分析具体法律路径。