结论：公司安排超牌运输普货发生交通事故，赔偿费的承担主体需根据具体情况分析，一般可能涉及公司、驾驶员以及保险公司等。
分析如下：
公司责任：
- 根据相关法律法规，公司作为运输活动的组织者和安排者，有责任确保运输活动的合法性和安全性。如果公司安排超牌（即超过核定载质量或超过核定运输资质）运输普货，这本身就违反了相关法律法规，公司应当承担相应的法律责任。
- 在交通事故中，如果事故是由于超牌运输导致的，或者超牌运输加重了事故的后果，公司很可能需要承担主要的赔偿责任。这包括赔偿受害人的医疗费用、财产损失、误工费等。
驾驶员责任：
- 驾驶员作为运输活动的直接执行者，也有责任遵守交通法规和运输规定。如果驾驶员明知超牌运输是违法的，仍然执行公司的安排，那么驾驶员也可能需要承担一定的法律责任。
- 在交通事故中，如果驾驶员存在过错（如超速、疲劳驾驶等），那么驾驶员可能需要与公司共同承担赔偿责任。具体责任比例可能根据事故的具体情况和驾驶员的过错程度来确定。
保险公司责任：
- 如果公司为运输车辆购买了相应的保险（如交强险、商业险等），那么在交通事故发生后，保险公司应当按照保险合同的约定承担相应的赔偿责任。
- 然而，需要注意的是，保险公司通常会在保险合同中约定一些免责条款。如果超牌运输属于保险公司的免责范围，那么保险公司可能不会承担赔偿责任。因此，在购买保险时，公司应当仔细阅读保险合同，了解保险公司的免责条款。
特殊情况说明：
- 如果公司能够证明超牌运输与交通事故的发生没有因果关系，或者交通事故是由于其他不可抗力的因素导致的，那么公司可能不需要承担赔偿责任。但这种情况需要充分的证据支持，且在实际操作中较为罕见。
建议：
- 对于公司而言，应当严格遵守相关法律法规和运输规定，确保运输活动的合法性和安全性。避免安排超牌运输等违法行为，以减少潜在的法律风险和赔偿责任。
- 如果发生交通事故，公司应当及时与受害人协商赔偿事宜，并积极配合相关部门的调查和处理工作。同时，公司也可以咨询专业律师的意见，以更好地维护自身的合法权益。
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