关于交通事故中停运损失从哪天开始算的问题，结论如下：
停运损失的起算时间：
- 停运损失通常从交通事故发生之日起开始计算，直至车辆恢复运营能力或达到合理修复期限为止。这是基于停运损失的本质，即因事故导致车辆无法正常运营而产生的经济损失。
- 在您描述的情况中，虽然事故责任在两天后才确定，但这并不影响停运损失的起算时间。因为停运损失的产生与事故责任确定的时间无直接关联，而是与事故发生导致车辆无法运营的事实相关。
特殊情况下的停运损失计算：
- 如果事故导致车辆需要较长时间修复，且修复期间车辆确实无法运营，那么停运损失应计算至车辆修复完毕并能够正常运营之日止。
- 如果车辆在事故后虽然受损不严重，但因等待责任认定、保险理赔等程序而暂时无法运营，这部分时间是否计入停运损失，需根据具体情况判断。一般来说，如果等待时间合理且必要，且确实导致了运营损失，那么这部分时间可以计入停运损失。但需要注意的是，如果等待时间过长且非必要，或者车辆在等待期间可以部分运营，那么这部分时间可能不被全额计入停运损失。
停运损失的计算依据：
- 停运损失的计算通常基于车辆的实际运营收入和成本。如果车辆有固定的运营收入和成本记录，可以按照实际减少的收入计算停运损失。
- 如果无法提供固定收入证明，则可以参照同地区、同类型营运车辆的平均收入进行计算。这需要您收集相关证据，如运营记录、收入证明、同行业平均收入数据等，以支持您的停运损失主张。
法律建议：
- 在处理此类事故时，建议您及时收集并保存相关证据，如事故现场照片、维修记录、运营记录、收入证明等，以便在后续理赔或诉讼中证明您的停运损失。
- 如果与对方或保险公司就停运损失的计算或赔偿产生争议，您可以考虑通过法律途径解决。在此过程中，您可以寻求专业律师的帮助，以确保您的权益得到充分保障。
举例说明：
假设您的车辆因事故受损，需要修复5天，且在这5天内确实无法运营。同时，您能够提供证据证明您的车辆平均每天运营收入为500元。那么，您的停运损失就可以计算为：5天 × 500元/天 = 2500元。
最后，如果您在处理此类事故过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律建议。