当总公司决定撤销分公司而分公司不配合时，总公司可以采取以下策略来确保撤销决定的执行，并妥善处理相关事宜：
一、明确法律关系与依据
首先，需要明确的是，总公司与分公司之间的法律关系是基于《中华人民共和国公司法》的明确规定。分公司作为总公司的附属机构，不具备独立法人资格，其一切资产、权益和经营活动均归属于总公司。因此，总公司有权根据自身经营管理需要决定分公司的设立、撤销或变更，这是公司内部管理权限的合法体现。
二、沟通协商阶段
深入沟通：总公司应与分公司负责人及相关人员进行深入沟通，明确阐述撤销分公司的决策背景和原因，如战略调整、业务收缩等，并倾听分公司的意见和诉求。通过沟通，尝试理解分公司不配合的具体原因，可能是对撤销决定的误解、对员工安置的担忧，或是对资产处置的异议等。
组织会议：在沟通的基础上，可以组织专门的会议，邀请分公司的主要负责人、财务人员、法务人员等参加，共同探讨解决方案，争取达成理解和共识。
三、内部管理措施
人事调整：若沟通协商无果，总公司可依据内部管理制度和相关法律法规，对分公司的主要负责人进行人事调整，如免除不配合工作的负责人职务，任命新的负责人推进撤销事宜。
控制财务和资产：总公司应立即冻结分公司的银行账户，防止资金不当转移，并对分公司的固定资产、流动资产等进行全面清查和盘点，确保资产安全。同时，可以成立专门的清算小组，负责处理分公司的资产和债务。
四、法律途径
发送书面通知：总公司应向分公司发送正式的书面撤销通知，明确撤销的决定、依据、时间节点以及分公司需要配合的具体事项，并要求在规定时间内完成相关工作。此步骤可以依据《公司法》等相关法律法规，增强通知的正式性和法律效力。
申请仲裁或提起诉讼：若分公司仍然拒不配合，总公司可根据协议约定申请仲裁，或无协议时向有管辖权的人民法院提起诉讼，请求法院判决分公司配合撤销工作，并承担因不配合造成的损失。在诉讼过程中，总公司需提供充分证据，如撤销决定、沟通记录、资产清查报告等。
五、行政途径
总公司可持撤销分公司的相关文件，如董事会决议、股东会决议等，直接到分公司登记机关申请办理分公司注销登记。登记机关审核材料后，会依法办理注销手续。在此过程中，总公司需确保提供的材料真实、完整、有效。
六、执行与监督
在法律程序结束后，根据判决或裁决结果，总公司应督促分公司履行相关义务。如有必要，可申请法院强制执行，以确保撤销决定的最终落实。同时，总公司应加强对撤销过程的监督和管理，确保各项工作的顺利进行。
七、善后处理
资产处理：及时处理好分公司的资产，包括清算、转让或处置等。在处理过程中，应遵循法律法规和公司章程的规定，确保资产处置的合法性和合规性。
债权债务处理：清理分公司的债权债务关系，确保无遗漏。对于未了结的债务，应与债权人协商解决方案，并按照约定履行还款义务。
员工安置：妥善安置分公司员工，避免因员工问题引发劳动纠纷。可以与员工协商解除劳动合同、支付经济补偿等事宜，并确保员工的合法权益得到保障。
在整个过程中，总公司应始终保持冷静和理性，遵循法律法规和公司章程的规定，注重与分公司的沟通和协调，尽量通过友好的方式解决问题。如果分公司仍然不配合或存在其他复杂情况，建议及时向我咨询，以便提供更具体的法律指导和帮助。