已被清理的案件，通常指的是那些已经完成司法程序、执行完毕或因特定原因被司法机关从当前待处理案件列表中移除的案件。针对这类案件的处理，主要可以从以下几个角度来考虑：

1. 档案保存与查询：

   • 即便案件已被清理，相关的法律文书、证据材料以及审理记录等仍会被司法机关妥善保存。这是为了保障法律的连续性和公正性，以便在未来可能出现的复查、再审或相关法律研究中提供依据。
   • 当事人或其代理人，在符合法律规定的情况下，有权向司法机关申请查询或复制这些档案材料。

2. 后续法律效应：

   • 已被清理的案件，其判决或裁定结果通常具有终局性，对当事人产生法律约束力。这意味着，除非存在法定事由（如新证据出现、原判决存在错误等），否则当事人不能随意要求重新审理或改变判决结果。
   • 如果案件涉及执行，且执行程序已经完毕，那么被执行人的相关义务通常也被视为已经履行完毕。但在某些特殊情况下，如执行回转等，可能仍需对原执行行为进行复查或调整。

3. 特殊情况处理：

   • 如果案件被清理是因为存在错误或瑕疵，且这些错误或瑕疵影响了案件的公正处理，那么当事人可以通过法定程序（如申请再审、申诉等）来寻求救济。
   • 在某些情况下，如案件涉及国家利益、社会公共利益或他人合法权益，且这些利益因案件清理而受到损害，相关主体也可以依法采取措施来维护自身权益。

4. 对个人或企业的影响：

   • 对于个人而言，已被清理的案件通常不会对其日常生活产生直接影响。但如果案件涉及信用记录、职业资格等方面，可能会对个人产生一定的间接影响。
   • 对于企业而言，已被清理的案件可能涉及商业信誉、市场准入等方面的问题。因此，企业在处理相关案件时，应充分考虑其可能产生的长期影响，并采取相应的措施来降低风险。

总结来说，已被清理的案件在司法机关仍有档案保存，并可能产生一定的后续法律效应。在处理这类案件时，应充分考虑其特殊性，并依法采取相应的措施来维护自身权益。如果你有具体的案件情况或疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。