当您的案子查清后，接下来的处理流程主要取决于案件的性质以及查清的事实和证据情况。以下是一个详细的解释，希望能帮助您更好地理解整个流程：
一、侦查阶段结束后的处理
在侦查阶段，侦查机关（如公安机关）会进行一系列的调查活动，以收集证据并确定是否存在犯罪事实。当侦查机关认为案件事实已经基本查清，证据确实充分，且犯罪性质和罪名认定正确时，他们会写出《起诉意见书》，并将案卷材料、证据一并移送同级人民检察院审查决定。
如果侦查过程中发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任，侦查机关会作出撤消案件的决定，并制作《撤消案件决定书》。如果犯罪嫌疑人已被逮捕，他们会立即释放，并发给释放证明。
二、审查起诉阶段
检察院在接到侦查机关移送的案件后，会进入审查起诉阶段。在这一阶段，检察院会对《起诉意见书》以及全部案卷材料和证据进行全面审查，包括讯问犯罪嫌疑人、听取被害人的意见等。
检察院审查后，会有两种处理方式：
三、审判阶段
如果检察院决定起诉，案件将进入审判阶段。法院在收到并审查检察院移送起诉的案件后，一般会公开开庭审理（涉及国家秘密或个人隐私的案件除外）。
法庭审理后，会根据已经查明的事实、证据和有关的法律规定，作出以下判决：
四、判决后的处理
判决宣告后，如果被告人和检察院不提出上诉或抗诉，判决将在10日后生效并交付执行。如果被告人对判决不服，可以在10日内提出上诉；检察院不服判决可以提起抗诉。
二审法院的处理：
二审法院接到上诉或抗诉后，可能开庭审理，也可能只是进行书面审理。如果认为一审法院认定事实和适用法律正确的，维持原判；认为原审法院认定事实正确但适用法律错误的，撤消原判，直接改判；原审法院审判过程中违反程序的，撤消原判，发回重审。二审法院作出的判决是终审判决，一般情况下，刑事诉讼程序到此终结。
五、特殊情况的处理
如果案件涉及自首、立功等量刑情节，法院在判决时会根据相关法律规定和案件具体情况进行考量。例如，对于具有自首情节的犯罪分子，法院可能会依法决定是否从轻、减轻或者免除处罚以及从轻、减轻处罚的幅度。
总结与建议
整个流程下来，案子查清后的处理取决于多个因素，包括案件事实、证据情况、法律适用以及被告人的行为等。如果您对案件的处理有疑问或不满，建议您及时咨询专业律师，了解您的权利和可能的救济途径。同时，保持与办案机关的沟通，及时了解案件进展，也是非常重要的。