手机被公安机关扣押后，通常会在案件终结后依法返还，但若手机被认定为作案工具，则可能被没收。以下是具体分析：

1. 扣押的法律依据与程序
   根据《刑事诉讼法》第141条，公安机关在侦查活动中发现的可用以证明犯罪嫌疑人有罪或无罪的财物，有权扣押。手机作为可能存储组织卖淫相关证据（如聊天记录、转账记录等）的物品，会被依法扣押。扣押时需出示搜查证或扣押证，并制作扣押清单，由侦查人员、见证人和持有人签名确认。

2. 手机的处理方式

   • 作为证据使用：若手机内存有与组织卖淫相关的证据（如招嫖信息、交易记录等），公安机关会将其作为证据固定，可能通过技术手段提取数据后，将手机封存保管，直至案件终结。
     
   • 返还条件：若手机与案件无关（如个人生活照片、无关通讯记录等），或案件终结后（如判决生效、撤销案件等），公安机关应在3日内解除扣押，返还给所有人。返还时需核对手机特征（如IMEI号、外观等），并由接收人签字确认。
     
   • 没收情形：若手机被认定为作案工具（如专门用于组织卖淫的通讯设备），根据《刑法》第64条，可能被依法没收，上缴国库。

3. 当事人的权利与救济途径

   • 查询扣押状态：当事人或其家属可向公安机关查询手机扣押情况，要求说明扣押理由及处理进度。
     
   • 提出异议：若认为手机被错误扣押或与案件无关，可向公安机关提出书面异议，要求返还；若未获解决，可向同级人民检察院申请立案监督，或通过行政复议、行政诉讼等途径维权。
     
   • 委托律师介入：律师可协助当事人与公安机关沟通，查阅扣押清单及证据材料，依法维护合法权益。

建议：若手机被扣押，建议保留购买凭证、维修记录等证明手机归属的证据，并尽快咨询律师，评估手机与案件的关联性，制定维权策略。