结论：村委会在营业执照申请材料上扣章的行为是否违法，需根据具体情况判断，包括村委会是否知晓门牌号系虚构、是否尽到合理审查义务以及该行为是否造成实际损害等。以下从不同角度进行分析：
一、村委会的盖章行为性质
村委会作为基层群众性自治组织，其盖章行为通常代表对相关事项的确认或认可。在营业执照申请过程中，门牌号作为经营场所的地址信息，是工商行政管理部门审核的重要内容之一。若申请人自行填写了不存在的门牌号，而村委会在未知情或未核实的情况下扣章，则村委会可能并未直接参与虚构门牌号的行为。
二、村委会是否违法需考虑的因素
是否知晓门牌号虚构：
- 若村委会在扣章前已知晓门牌号系申请人自行填写且不存在，但仍选择扣章，则村委会可能构成对虚假信息的认可，存在一定过错。但需注意，这种过错并不直接等同于违法，除非该行为导致了严重后果或违反了特定法律法规。
- 若村委会在扣章时并不知晓门牌号虚构，且已尽到合理审查义务（如询问申请人、查看相关证明文件等），则村委会通常无需承担法律责任。
是否尽到合理审查义务：
- 村委会在扣章前，有义务对申请材料进行合理审查，以确保其真实性和合法性。若村委会未尽到这一义务，导致虚假信息被用于营业执照申请，则村委会可能因疏忽大意而承担一定责任。但同样，这种责任并不直接等同于违法，除非造成了严重后果。
是否造成实际损害：
- 村委会的盖章行为是否违法，还需考虑其是否造成了实际损害。若虚构门牌号并未导致任何实际损害（如未影响工商行政管理部门对营业执照的审核、未损害他人合法权益等），则村委会的行为可能不构成违法。
- 若虚构门牌号导致了实际损害（如误导了工商行政管理部门、损害了他人合法权益等），则村委会可能因共同侵权或帮助侵权而承担法律责任。
三、法律后果及建议
法律后果：
- 若村委会的盖章行为被认定为违法，可能面临行政处罚（如罚款、警告等）或民事赔偿（如赔偿因虚假信息导致的损失等）。但需注意，这种法律后果的承担需以村委会存在过错且该过错与损害结果之间存在因果关系为前提。
建议：
- 对于申请人而言，应如实填写营业执照申请材料，避免虚构门牌号等虚假信息。若因特殊原因需使用非实际门牌号，应提前与工商行政管理部门沟通并说明情况。
- 对于村委会而言，在扣章前应尽到合理审查义务，确保申请材料的真实性和合法性。若对申请材料存在疑问或不确定之处，应及时向相关部门或专业人士咨询。
总结：村委会在营业执照申请材料上扣章的行为是否违法，需根据具体情况判断。若村委会在未知情或未核实的情况下扣章，且已尽到合理审查义务且未造成实际损害，则通常无需承担法律责任。但若村委会知晓门牌号虚构或未尽到审查义务且造成了实际损害，则可能面临法律后果。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。