针对您提出的问题，即在校生签订了三方协议后辞职应该如何处理，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确三方协议的性质和作用。《全国普通高等学校毕业生就业协议书》（简称三方协议）是明确毕业生、用人单位和学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面协议。它允许约定违约金，但这一约定有其特定的适用范围和条件。

当您作为高校毕业生，凭借就业报到证到用人单位报到，并且用人单位正式接收您后，三方协议实际上就已经自行终止了。这是因为，报到并正式入职是您履行三方协议中约定的主要义务，一旦完成这一义务，协议即告失效。

接下来，针对您关心的违约金问题。由于三方协议在您报到并入职后已经终止，因此，即使协议中原本约定了违约金，您在入职后辞职也无需再承担这一违约责任。这是因为，违约金的约定是基于协议的有效期内，一方违反协议约定而应承担的责任。既然协议已经终止，那么违约金的约定也就失去了效力。

然而，需要注意的是，虽然您无需承担违约责任，但辞职后您可能会丧失一些特定的权益。例如，根据以往的政策，毕业生在毕业后两年择业期内，如果按照应届高校毕业生对待，可能会享受一些特定的就业优惠和政策支持。但一旦您辞职并离开了原单位，这一待遇可能就会受到影响。不过，需要指出的是，从2023年起，我国已经取消了就业报到证，并且不再将就业报到证作为办理高校毕业生招聘录用、落户、档案接收转递等手续的必需材料。因此，这一影响可能已经有所减弱。

最后，我建议您在辞职前，务必与用人单位进行充分的沟通，了解辞职后的相关事宜和可能产生的影响。同时，也可以咨询学校就业指导中心或相关法律专业人士，以获取更具体、更专业的建议和指导。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。