针对您提出的“公司发工资偷税怎么处理”这一问题，这确实是一个涉及法律责任和税务合规的重要议题。以下是我为您详细梳理的处理流程和建议：
一、公司层面的法律责任与应对措施
法律责任：
- 追缴税款与滞纳金：公司若存在偷税漏税行为，税务机关将责令其限期补缴所偷逃的税款，并从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。
- 罚款：税务机关还将对公司处以不缴或者少缴税款百分之五十以上五倍以下的罚款。
- 刑事责任：若偷税漏税行为构成犯罪，公司将依法被追究刑事责任，相关责任人员可能面临有期徒刑、拘役及罚金等处罚。
应对措施：
- 内部自查与整改：公司应立即进行全面的内部自查，确认是否存在偷税漏税行为，并立即停止并整改，包括补缴税款、滞纳金及接受税务机关的处罚。
- 积极配合调查：若税务机关对公司展开调查，公司应积极配合，提供相关资料和证据，以协助税务机关准确查明事实。
- 加强税务合规管理：公司应加强税务合规管理，确保未来依法纳税，可以考虑聘请专业的税务顾问或律师团队提供咨询和指导。
二、员工层面的应对措施
及时补税与缴纳滞纳金：
- 若员工发现自己的工资存在偷税漏税情况，应立即主动向税务机关坦白并如实申报收入情况，通过个人所得税APP或前往当地税务机关办税服务厅办理补税手续，并缴纳因滞纳而产生的税款万分之五的日滞纳金。
避免再次违规与学习税法：
- 员工应加强税收法律法规的学习，了解工资收入的纳税义务和扣除标准，确保未来工资收入如实申报并及时足额缴纳税款。
举报违法行为：
- 若员工发现企业存在系统性偷税漏税行为，有责任向税务部门举报。举报时，应提供详细证据和线索，并注意保护个人隐私和安全。
三、税务机关的处理流程
调查核实与责令整改：
- 税务机关通过大数据分析或专项检查发现疑点后，将对企业和员工进行调查，要求提供相关资料进行全面核实，并责令限期改正，补缴税款和滞纳金，同时对偷税漏税行为进行处罚。
后续监管与长效机制：
- 税务机关将对整改情况进行跟踪检查，确保税款和滞纳金按时足额补缴，并建立长效监管机制，加强对企业和个人纳税情况的日常监管。
四、总结与建议
公司发工资偷税漏税是严重的违法行为，不仅会导致经济上的损失，还可能面临刑事责任的追究。因此，我建议您：
- 作为公司：应高度重视税务合规问题，加强内部管理，确保依法纳税。一旦发现问题，应积极采取措施进行整改和补救。
- 作为员工：应增强法律意识，及时补税并学习税法，若发现企业存在偷税漏税行为，应积极向税务部门举报。
- 共同维护税收秩序：只有公司、员工和税务机关三方共同努力，才能有效遏制偷税漏税行为，维护税收秩序和国家利益。
希望以上解答能对您有所帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时告知。