结论前置：农村承包土地未经允许擅自侵占种树是违法的，这种行为可能涉及侵犯土地承包经营权以及违反土地管理法规。
详细分析：
侵犯土地承包经营权：
- 根据《中华人民共和国农村土地承包法》的相关规定，土地承包经营权人依法对其承包经营的耕地、林地、草地等享有占有、使用和收益的权利。未经允许擅自侵占他人承包的土地进行种树，显然侵犯了土地承包经营权人的合法权益。
- 土地承包经营权人有权要求侵占者停止侵害、恢复原状，并可以要求赔偿因此造成的损失。
违反土地管理法规：
- 农村土地的使用和管理受到《中华人民共和国土地管理法》等法规的严格规范。擅自改变土地用途（如将耕地变为林地）或未经批准占用土地进行非农业建设（如种树可能涉及的土地整理、挖坑等行为，若未按规定报批，则可能被视为非农业建设），均属于违法行为。
- 违反土地管理法规的行为，可能会受到行政处罚，包括罚款、责令退还非法占用的土地、限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施等。
法律建议：
- 对于土地承包经营权人：如果发现自己的承包土地被他人擅自侵占种树，应首先与侵占者进行协商，要求其停止侵害并恢复原状。如果协商无果，可以向当地农村土地承包仲裁委员会申请仲裁，或者直接向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
- 对于侵占者：应立即停止侵害行为，与土地承包经营权人进行协商，寻求妥善解决的方式。如果已经造成了损失，应主动承担赔偿责任，以避免进一步的法律纠纷。
可能后果：
- 如果侵占行为被认定为违法，侵占者可能会面临行政处罚，包括罚款、责令退还土地等。
- 如果侵占行为给土地承包经营权人造成了损失，侵占者还需要承担民事赔偿责任，赔偿因侵占行为给对方造成的经济损失。
进一步思考：
- 在处理此类纠纷时，应充分考虑农村土地的特殊性和复杂性，以及双方当事人的实际情况和利益诉求。
- 鼓励双方通过协商、调解等非诉讼方式解决纠纷，以降低诉讼成本，提高纠纷解决效率。
- 如果涉及大规模的土地侵占或复杂的法律关系，建议及时咨询专业律师，以获取更全面、准确的法律意见和帮助。
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