结论：起诉离婚一审不判离，在分居一年期间回复对方消息，一般情况下不会影响二审判决，但具体是否影响需结合回复内容、分居事实的认定等因素综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
法律背景与规定
根据《民法典》第1079条规定，人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。其中，经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。这一规定明确了在特定条件下，分居满一年可以作为法院判离的依据之一。
回复消息对分居事实认定的影响
不影响分居事实认定的情况：
- 如果回复的消息内容仅限于日常生活琐事的简单交流，如询问对方近况、告知自己的基本情况等，且没有实质性的和好表示或共同生活的意愿，那么这种回复通常不会改变双方已经处于分居状态的事实。例如，你只是偶尔回复对方“最近身体怎么样”“工作忙不忙”等，没有涉及一起生活、共同处理家庭事务等内容，法院一般不会因此认定双方已经结束分居。
- 若双方在分居期间有明确的分居协议，或者有其他证据能够证明双方是因感情不和而分居，且分居状态持续未中断，那么回复消息的行为对分居事实的认定影响较小。比如，你们签订了书面分居协议，明确约定分居期间各自生活、互不干涉，同时还有租房合同、水电费缴纳记录等证据证明分居事实，此时回复消息不会影响法院对分居的认定。
可能影响分居事实认定的情况：
- 如果回复的消息中表达了和好的意愿，或者有共同生活的实际行动或计划，那么可能会影响法院对分居事实的认定。例如，你在回复中说“我们还是再给彼此一个机会吧”“我最近想搬回去和你一起住”等，并且后续有实际行动，如开始收拾行李准备搬回共同居住的房屋，那么法院可能会认为双方已经结束分居，感情尚未完全破裂，从而影响二审判决。
- 若回复消息的频率较高，且内容涉及较多的情感交流和互动，使法院认为双方仍有感情联系，没有达到感情确已破裂的程度，也可能对二审判决产生不利影响。比如，你们每天都会进行长时间的聊天，分享生活中的喜怒哀乐，互相安慰和鼓励，这种情况下法院可能会综合考虑，认为双方感情尚未完全破裂，不满足判离条件。
法律建议
- 保留分居证据：在分居期间，要注意保留能够证明分居事实的证据，如租房合同、水电费缴纳记录、物业费缴纳凭证、双方签订的分居协议、能够证明双方确实分居的聊天记录等。这些证据将有助于在二审中证明双方分居满一年的事实，增加判离的可能性。
- 谨慎回复消息：在分居期间回复对方消息时，要注意措辞和内容，避免表达和好的意愿或涉及共同生活的计划。如果只是出于礼貌或关心进行简单交流，也要注意保持适当的距离和分寸，以免给法院造成双方感情尚未破裂的误解。
- 收集感情破裂证据：除了分居证据外，还可以收集其他能够证明夫妻感情破裂的证据，如对方存在家庭暴力、虐待、遗弃家庭成员、有赌博、吸毒等恶习屡教不改等情形的证据。这些证据将有助于法院认定夫妻感情确已破裂，从而作出准予离婚的判决。
总之，起诉离婚一审不判离后，在分居一年期间回复对方消息是否会影响二审，需要综合考虑多种因素。如果你在离婚过程中遇到任何法律问题，都可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供专业的法律建议和帮助。