上班迟到扣加班费一般是不合法的。以下是对此问题的详细分析：

一、合法性分析

1. 加班费与工资的性质：

   • 加班费是劳动者在正常工作时间之外提供劳动所应得的报酬，属于工资的一部分。根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。

2. 迟到扣加班费的违法性：

   • 迟到是劳动者未按时到岗的行为，它影响的是劳动者的工作时间，但并不直接等同于劳动者未提供劳动或提供的劳动质量下降。因此，将迟到与扣加班费直接挂钩，缺乏合理的法律依据。
   • 加班费是劳动者因加班而应得的额外报酬，与迟到行为无直接关联。用人单位无权因劳动者迟到而扣除其加班费，这种做法侵犯了劳动者的合法权益。

二、合法扣罚的情形

虽然迟到扣加班费不合法，但用人单位在合法范围内对迟到行为进行扣罚是可能的，但需满足以下条件：

1. 规章制度的合法性：

   • 用人单位应依法建立和完善劳动规章制度，明确迟到的扣罚标准。规章制度的制定应经过民主程序，如职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。同时，规章制度应向劳动者公示或告知，确保员工知晓并理解相关规定。

2. 扣罚金额的合理性：

   • 扣除的工资部分不能过高，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。一般来说，扣除的金额应与迟到的时长、频率以及给用人单位造成的损失相适应，不得显失公平。

3. 劳动合同的约定：

   • 若劳动合同中明确约定了迟到扣钱的标准，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，则按照约定扣钱也是合法的。但同样需要注意扣罚金额的合理性以及不得侵犯劳动者的基本权益。

三、劳动者的权益保护

1. 了解规章制度：

   • 劳动者应仔细阅读并了解用人单位的规章制度，特别是关于迟到扣罚的规定。如果认为规定不合理或违法，可以向用人单位提出异议或寻求劳动监察部门的帮助。

2. 维护自身权益：

   • 如果用人单位因迟到而非法扣除加班费或其他工资，劳动者有权向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在投诉或申请仲裁时，劳动者应提供相关证据，如工资条、考勤记录等，以证明用人单位的违法行为。

四、实际应用中的建议

• 对于用人单位：应确保规章制度的合法性和合理性，遵循民主程序制定，并及时公示告知劳动者。同时，在处理迟到行为时，应采取合理、公正的方式，避免侵犯劳动者的合法权益。
• 对于劳动者：应了解自身权益，关注用人单位的规章制度，并在必要时寻求劳动监察部门或劳动仲裁机构的帮助来维护自己的合法权益。

综上所述，上班迟到扣加班费一般是不合法的。用人单位在处理迟到行为时，应遵守相关法律法规和规章制度，确保扣罚的合法性和合理性。劳动者也应了解自身权益，并在必要时采取法律手段来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。