新农办（新农村建设办公室或相关管理部门）是否有权让盖房停工，需分情况讨论，其合法性取决于具体情形和程序是否符合法律规定。以下从不同角度为你详细分析：
1. 若建房行为违反法律法规，新农办有权要求停工
- 法律依据：根据《土地管理法》《城乡规划法》等，农村建房需符合土地用途管制、规划许可等要求。例如：
- 未取得《乡村建设规划许可证》或《宅基地使用证》；
- 超出批准的宅基地面积或建筑层数；
- 占用耕地、生态保护区等禁止建设区域；
- 未按照审批的图纸施工（如擅自加高、扩建）。
- 程序要求：新农办需依法履行程序，如出具《停工通知书》，明确违法事实、法律依据及整改要求，并告知复议或诉讼权利。若程序合法，停工行为具有合法性。
2. 若建房行为合法，新农办无权随意停工
- 合法建房的情形：已依法取得宅基地使用权和规划许可，按审批要求施工，且未违反环保、安全等规定。
- 新农办越权停工：若新农办以非法定理由（如“影响村容”“领导要求”等）要求停工，或未出具书面通知、未说明依据，可能构成行政违法。此时，建房者有权拒绝停工，并可通过行政复议或诉讼维权。
3. 特殊情形：临时管制或紧急措施
- 政策性停工：如当地因环保、重大活动等临时要求停工，需以政府正式文件为依据，且通常会有补偿或后续处理方案。
- 安全隐患停工：若建房存在严重安全隐患（如结构不稳、施工违规），新农办可依据《安全生产法》要求停工整改，但需出具专业鉴定意见。
建议行动
- 核实停工依据：要求新农办出具书面《停工通知书》，明确违法事实和法律依据。
- 自查建房手续：确认宅基地审批、规划许可等文件是否齐全且有效。
- 协商或申诉：若认为停工违法，可与新农办沟通，或向上级部门（如乡镇政府、自然资源局）申诉。
- 法律救济：必要时委托律师提起行政复议或诉讼，维护合法权益。
总结：新农办停工的合法性取决于建房行为是否违法及程序是否合规。若手续齐全、施工合法，停工可能违法；若存在违法情形，停工是依法履职。建议根据具体情况采取对应措施，必要时直接向我咨询进一步法律意见。