货车货箱加长50公分属于非法改装车辆的行为，交警查到后一般会按以下方式处理：

1. 责令恢复原状：交警会要求车主将货车货箱恢复至原来的尺寸和状态，这是最直接的处理方式，目的是消除非法改装带来的安全隐患，确保车辆符合道路交通安全的相关标准。例如，如果原本货箱长度是4米，加长到4.5米后被查到，就需要把货箱长度改回4米。
2. 罚款处罚：根据《中华人民共和国道路交通安全法》第十六条第一项规定，任何单位或者个人不得拼装机动车或者擅自改变机动车已登记的结构、构造或者特征。对于非法改装货车的行为，交警通常会处以罚款，罚款金额一般在200元到2000元之间，具体数额会根据当地的法规和实际情况来确定。比如在一些地区，对于这种非法改装货箱的行为可能会处以500元的罚款。
3. 扣留车辆（情节严重情况）：如果非法改装的情况比较严重，或者车主拒绝配合交警的执法，不按照要求恢复车辆原状等，交警有权扣留车辆，直到车主完成整改并接受相应处罚后，才会归还车辆。

此外，如果这种非法改装行为还涉及到其他违法情形，比如使用非法改装的货车进行超载运输等，那么还可能会面临其他相关法律法规的处罚，例如超载可能会面临额外的罚款、扣分等处罚。

如果您的货车存在货箱加长的情况，建议您尽快将车辆恢复原状，以避免不必要的法律风险和经济损失。要是您还有其他关于交通法规或者车辆改装方面的疑问，欢迎随时向我咨询。