是的，税务稽查部门具有法定自主权，可以依法启动调查、取证、处理并最终认定结论。具体分析如下：

1. 法定自主权的来源
   根据《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则，税务机关（包括其稽查部门）被赋予行政执法权，涵盖对纳税人、扣缴义务人进行税务检查、调查取证的权力。例如，《税收征管法》第五十四条规定，税务机关有权检查纳税人的账簿、记账凭证、报表等资料，询问相关人员，并可采取查封、扣押等保全措施。

2. 程序合法性要求
   税务稽查的自主权行使需严格遵循法定程序：

   • 启动阶段：需基于合理怀疑或举报线索，不得随意启动。例如，需经税务局局长批准方可采取税收保全措施（《税收征管法》第三十八条）。
     
   • 调查阶段：需出示合法证件和检查通知书，保障纳税人知情权（《税收征管法》第五十九条）。
     
   • 取证阶段：证据需符合法定形式（如书面材料、电子数据等），且需经当事人确认或通过合法手段获取。
     
   • 处理阶段：需依据调查结果依法作出处理决定，如补缴税款、加收滞纳金、罚款等（《税收征管法》第六十三条至六十八条）。
     
   • 结论认定：最终结论需以书面形式送达纳税人，并告知救济途径（如复议或诉讼）。

3. 权力边界与监督
   税务稽查的自主权并非绝对，需接受多重监督：

   • 内部监督：上级税务机关对下级稽查行为有复核权，可纠正违法或不当行为。
     
   • 司法监督：纳税人若认为稽查行为违法，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，法院将审查稽查程序的合法性。
     
   • 社会监督：稽查过程需接受纳税人、公众及媒体的监督，确保权力透明运行。

4. 实务中的常见问题

   • 程序瑕疵：若稽查部门未依法出示证件、未告知权利或超期查封，可能导致证据无效或行政行为被撤销。
     
   • 证据效力：非法取得的证据（如通过威胁、欺骗获取）不得作为定案依据。
     
   • 结论争议：纳税人若对处理结论不服，需在法定期限内行使救济权，否则可能丧失复议或诉讼资格。

总结：税务稽查部门在法定框架内拥有完整的自主权，但需严格遵循程序正义原则。若您或您的企业面临税务稽查，建议及时核对程序合法性，并保留相关证据以备维权。如有具体案件或疑问，可直接向我咨询，我将结合案情提供专业分析。