结论：合同约定盖合同章生效，但实际加盖的是公章，合同仍然有效，但需结合具体情况判断。

1. 公章与合同章的法律效力
   根据《民法典》及相关司法实践，公章是法人权利的象征，代表法人的最终意志，在合同上加盖公章通常视为法人对合同内容的确认；合同专用章则是专门用于合同签订的印章，其效力与公章等同（除非合同明确排除）。因此，若合同仅约定“盖合同章生效”，但实际加盖公章，不影响合同效力，因公章的效力覆盖合同章。

2. 合同条款的严格解释原则
   若合同明确排除公章效力（如约定“仅合同章有效，其他印章无效”），此时需进一步分析：

   • 表见代理或追认：若对方有理由相信加盖公章系法人真实意思（如公章由法定代表人或授权人员加盖），或法人事后追认，合同仍有效；
     
   • 无权代理：若公章系盗用、冒用，且对方明知或应知，合同可能对法人不生效，但对方可主张表见代理要求行为人承担责任。

3. 实务建议

   • 对己方：若希望合同仅因合同章生效，需在合同中明确排除公章效力（如“本合同仅在加盖合同专用章后生效，加盖公章或其他印章无效”），并确保对方知悉；
     
   • 对对方：签订合同时，若对方加盖公章而非合同章，可要求对方出具书面说明（如“公章与合同章具有同等效力”），或补充加盖合同章，以降低风险。

总结：合同章与公章在法律上通常具有同等效力，除非合同明确排除公章。若您遇到具体合同纠纷或需起草/审查合同，可直接向我咨询，我会结合条款细节和交易背景为您分析。