结论前置：申请仲裁加班费确实适用仲裁时效，但具体适用情况需根据劳动关系是否存续来判断。在劳动关系存续期间，劳动者申请仲裁加班费不受一年时效期间的限制；劳动关系终止后，则需在一年内提出仲裁申请。
一、劳动关系存续期间
时效规定：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条第四款，劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬（包括加班费）发生争议的，劳动者申请仲裁不受一年时效期间的限制。
实践应用：
- 这意味着，只要劳动关系仍然存续，劳动者可以随时就加班费问题向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，无论加班发生在何时。例如，劳动者在公司工作了五年，期间一直存在加班未支付加班费的情况，那么在这五年内的任何时候，劳动者都可以就加班费问题申请仲裁。
二、劳动关系终止后
时效规定：
- 劳动关系终止后，劳动者应当自劳动关系终止之日起一年内提出加班费等劳动争议的仲裁申请。
实例说明：
- 如果劳动者于2023年10月离职，那么他需要在2024年10月之前向劳动争议仲裁委员会提出加班费仲裁申请。如果超过这个期限，且不存在时效中断或中止的情形，那么劳动者的仲裁请求可能会因为超过时效而不被支持。
三、时效的中断与中止
时效中断：
- 在仲裁时效期间内，如果劳动者向用人单位主张权利（如讨要加班费）、向有关部门请求权利救济（如向劳动监察部门投诉）或用人单位同意履行义务（如承诺支付加班费），则仲裁时效中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算一年。
时效中止：
- 如果因不可抗力（如自然灾害、重大疾病等）或其他正当理由导致劳动者无法在规定的仲裁时效期间内申请仲裁，则仲裁时效中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。
四、法律后果与建议
法律后果：
- 如果劳动者超过仲裁时效且不存在中止、中断事由，而用人单位又以时效抗辩的，劳动者的仲裁请求可能不会被支持。
建议：
- 劳动者应及时关注并主张自己的加班费权益，保留好考勤记录、加班申请单、工资条等证据。
- 如果用人单位拒付加班费，劳动者可以通过劳动仲裁或诉讼来维权。在劳动关系存续期间，可以随时申请仲裁；劳动关系终止后，则需在一年内提出仲裁申请。
五、特殊情况说明
- 如果劳动者申请仲裁时劳动关系仍存续，但能证明已经收到了用人单位拒付工资的书面通知，那么仲裁时效可能从收到通知之日起计算，而非离职之日。不过，这种情况较为特殊，需要具体证据支持。
综上所述，申请仲裁加班费确实适用仲裁时效，但具体适用情况需根据劳动关系是否存续以及是否存在时效中断、中止的情形来判断。劳动者在维护自己的加班费权益时，应充分了解法律规定，及时行动，并妥善保留证据。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。