关于您提出的“孩子档案母亲填的是继母是否合法合规”的问题，这主要涉及到公民民族成份的登记管理以及继父母与继子女的关系认定。

首先，根据《中国公民民族成份登记管理办法》的相关规定，公民的民族成份，只能依据其父亲或者母亲的民族成份确认、登记。这里的父母，包括生父母、养父母和与继子女有抚养教育关系的继父母。这意味着，如果继母与继子女之间存在抚养教育关系，那么在孩子的档案中，将继母作为母亲来填写民族成份是合法合规的。

其次，我们需要明确继母与继子女之间是否存在抚养教育关系。这通常可以通过日常生活中的照顾、教育、经济支持等方面来体现。如果继母确实承担了这些责任，并且与继子女之间形成了亲密的亲子关系，那么她就有资格作为孩子的母亲在档案中进行登记。

此外，如果涉及到民族成份的变更，比如孩子原本登记的是生母的民族成份，现在想要变更为继母的民族成份，那么需要遵循一定的程序和规定。根据《中国公民民族成份登记管理办法》，未满十八周岁的公民变更民族成份，应当由其父母或者其他法定监护人提出申请，并提交相关的证明材料，如书面申请书、居民户口簿、婚姻关系证明等。这些程序和规定确保了民族成份变更的合法性和合规性。

最后，我想强调的是，无论孩子的档案中填写的是生母还是继母，最重要的是要确保信息的真实性和准确性。同时，我们也应该尊重和保护继父母与继子女之间的合法权益和亲子关系。

综上所述，如果继母与继子女之间存在抚养教育关系，那么在孩子的档案中填写继母作为母亲是合法合规的。如果涉及到民族成份的变更，需要遵循相关的程序和规定进行申请和审批。希望这个解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。