当被告对债权转让协议提出异议时，我们可以按照以下步骤来处理这一问题，以确保整个流程的合法性和公正性：
一、核实债权转让的合法性
审查转让协议：
- 我们需要仔细审查债权转让协议，确认其是否符合《中华人民共和国民法典》中关于合同效力的规定。
- 检查协议是否存在欺诈、胁迫等导致合同无效的情形，以及是否双方自愿、平等地签订。
通知债务人：
- 根据法律规定，债权人转让债权的，必须通知债务人。这是债权转让生效的必要条件。
- 我们需要确认是否已向债务人发出了有效的债权转让通知，并保留好通知的记录或证据。
考虑禁止转让情形：
- 如果债权存在根据债权性质不得转让、按照当事人约定不得转让或依照法律规定不得转让的情形，那么债权转让将无效。
- 在此情况下，如果债务人提出异议，我们需要认真审查并确认债权是否确实存在这些禁止转让的情形。
二、处理债务人的异议
协商解决：
- 当债务人提出异议时，我们首先应尝试通过协商的方式解决争议。
- 双方可以就债权转让的具体条款、履行方式等进行沟通，寻求共识，以达成和解协议。
提供证明文件：
- 如果债务人认为债权转让存在问题，我们可以要求其提供相关的证明文件或证据来支持其主张。
- 同时，我们也可以提供债权转让的合法依据、通知记录等证据，以证明债权转让的合法性和有效性。
申请司法救济：
- 如果协商无果，且债务人坚持认为债权转让无效或存在其他问题，我们可以向人民法院提起诉讼。
- 在诉讼过程中，法院将对债权转让的合法性进行全面审查，并根据事实和法律规定作出判决。我们需要准备好充分的证据来支持自己的主张。
执行异议之诉（如适用）：
- 如果在执行阶段，案外人对执行标的（即被转让的债权）提出书面异议，且理由成立，法院将裁定中止对该标的的执行。
- 此时，作为申请执行人（原债权人），我们可以在自裁定送达之日起十五日内向人民法院提起诉讼，请求许可对该标的的执行。这就是执行异议之诉。
三、遵循法定程序与原则
尊重生效法律文书：
- 在处理债权转让及债务人异议的过程中，我们必须严格遵守生效法律文书所确定的权利义务关系。
- 未经法定程序变更或撤销的法律文书具有既判力，各方均应受其约束。
保障合法权益：
- 无论是债权人还是债务人，其合法权益都应受到法律的保护。
- 在处理异议时，我们应充分考虑双方的利益诉求，确保处理结果公平合理，不偏袒任何一方。
综上所述，当被告对债权转让协议提出异议时，我们应通过核实债权转让的合法性、处理债务人的异议以及遵循法定程序与原则等步骤来妥善处理这一问题。如有需要，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。