核心结论：土地被抵押后进行土地确权，需分情况处理，关键在于明确抵押状态对确权的影响及应对策略。以下从不同角度展开说明：

1. 抵押状态不影响确权的基本原则

• 法律基础：根据《民法典》及《土地管理法》，土地确权是对土地权属的行政确认行为，主要审查土地来源、使用现状及合法性，与土地是否设定抵押无直接关联。抵押权属于物权担保范畴，确权属于行政确认范畴，两者分属不同法律关系。
• 操作建议：若土地权属清晰（如合法承包、流转或取得使用权），即使存在抵押，仍可正常申请确权。需向当地自然资源部门提交确权申请材料（如权属证明、身份证明、土地利用现状证明等），并说明抵押情况，由行政部门依法审查后出具确权证书。

2. 抵押权人可能对确权流程的干预

• 潜在风险：若抵押土地存在权属争议（如抵押人非实际权利人），或抵押合同中约定了限制转让/确权的条款，抵押权人可能通过法律途径主张权利，影响确权进度。
• 应对策略：
  • 提前沟通：在申请确权前，可与抵押权人协商，明确其对确权的意见，避免后续纠纷。
  • 法律审查：委托律师审查抵押合同条款，确认是否存在限制确权的约定。若存在，需评估解除抵押或修改合同的可能性。
  • 权属证明强化：提供完整的权属证明材料（如承包合同、流转协议、缴费凭证等），证明自身对土地的合法占有和使用权，降低权属争议风险。

3. 确权后抵押权的存续与变更

• 法律效果：确权证书是对土地权属的最终确认，不影响已设立的抵押权。抵押权仍附着于土地上，若债务人未履行还款义务，抵押权人可依法行使抵押权（如拍卖、变卖土地）。
• 操作建议：
  • 登记公示：确权后，若土地权属发生变更（如转让、继承），需及时办理抵押权变更登记，确保抵押权效力延续。
  • 风险防范：若计划转让确权土地，需提前通知抵押权人并取得同意，或协商提前清偿债务以解除抵押，避免转让行为被认定为无效。

4. 特殊情形处理

• 集体土地抵押：若土地为集体所有（如宅基地、集体建设用地），抵押需符合《土地管理法》及地方性法规的限制（如仅限本集体经济组织成员之间抵押）。确权时需重点审查抵押合法性，避免因违法抵押导致确权无效。
• 司法查封土地：若土地因诉讼被司法查封，需先解除查封后再申请确权。可与法院沟通，提供担保或清偿债务以解除查封，或通过诉讼确认权属后申请解封。

总结：土地被抵押不影响确权的基本流程，但需关注抵押权人可能提出的异议及权属争议风险。建议提前准备完整权属证明、与抵押权人沟通并审查抵押合同，必要时委托律师协助处理。若遇复杂情况（如集体土地抵押、司法查封），可进一步向我咨询具体解决方案。