行政机关侵犯合法经营自主权，是可以申请行政复议的。以下从多个角度为你详细分析：

法律依据角度

根据《中华人民共和国行政复议法》的相关规定，公民、法人或者其他组织认为行政机关的具体行政行为侵犯其合法权益的，有权向行政复议机关提出行政复议申请。这里的“具体行政行为”包括行政机关作出的影响公民、法人或者其他组织权利义务的行政命令、行政处罚、行政强制等行为。而行政机关侵犯合法经营自主权，通常表现为行政机关通过行政命令、行政处罚等方式，限制或者剥夺了企业或者其他经营者的经营自主权，这显然属于具体行政行为的范畴，因此可以申请行政复议。

经营自主权保护角度

经营自主权是企业或者其他经营者依法享有的权利，包括自主经营、自负盈亏、自我发展、自我约束等。行政机关应当尊重和保护企业的经营自主权，不得非法干预。如果行政机关侵犯了企业的经营自主权，企业有权通过法律途径维护自己的合法权益。行政复议作为一种行政救济方式，为企业提供了一个相对快速、便捷的解决行政争议的途径。

行政复议的申请与受理

1. 申请条件：申请人认为行政机关的具体行政行为侵犯其合法权益，且该具体行政行为属于行政复议的受理范围。
2. 申请方式：申请人可以书面申请，也可以口头申请。书面申请的，应当提交行政复议申请书；口头申请的，行政复议机关应当当场记录申请人的基本情况、行政复议请求、申请行政复议的主要事实、理由和时间。
3. 受理机关：通常是对作出具体行政行为的行政机关的上一级行政机关或者法律、法规规定的行政机关。
4. 受理期限：行政复议机关收到行政复议申请后，应当在五日内进行审查，对不符合本法规定的行政复议申请，决定不予受理，并书面告知申请人；对符合本法规定，但是不属于本机关受理的行政复议申请，应当告知申请人向有关行政复议机关提出。除前款规定外，行政复议申请自行政复议机关负责法制工作的机构收到之日起即为受理。

后续法律救济途径

如果对行政复议决定不服，申请人还可以依法向人民法院提起行政诉讼，通过司法途径进一步维护自己的合法权益。

建议：如果你认为行政机关侵犯了你的合法经营自主权，建议首先收集相关证据，如行政机关的行政命令、行政处罚决定书等，然后向有管辖权的行政复议机关提出行政复议申请。在申请过程中，如果遇到任何问题或者需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供专业的法律建议。