当罚款数额较高且涉及多个行政执法部门时，通常按照以下原则和程序处理：

1. 明确执法权限与依据
   首先需确认各行政执法部门的法定权限，即根据《行政处罚法》及相关单行法律（如《环境保护法》《安全生产法》等），明确各部门对同一违法行为是否均有处罚权。若法律明确规定某一部门为唯一执法主体，则其他部门不得重复处罚；若存在交叉，则需进一步判断是否属于“一事不再罚”原则的适用范围。

2. “一事不再罚”原则的适用
   根据《行政处罚法》第二十九条，对当事人的同一个违法行为，不得给予两次以上罚款的行政处罚。若多个部门均对同一违法行为有管辖权，通常由最先立案的部门行使处罚权，其他部门可将案件移送或协助调查，但不得重复罚款。若违法行为涉及不同法律规范（如既违反环保法又违反安全生产法），且不同法律规定的处罚种类不同（如罚款+吊销许可证），则各部门可分别实施不同种类的处罚，但罚款仍需遵循“一事不再罚”。

3. 联合执法与协调机制
   若违法行为复杂或涉及多个领域，各部门可依据《行政处罚法》及相关规定启动联合执法程序，通过以下方式处理：

   • 成立联合调查组：由牵头部门组织其他部门共同调查，收集证据后统一作出处罚决定；
     
   • 协商确定管辖：通过政府协调或部门间协商，明确由某一部门为主处罚，其他部门配合；
     
   • 信息共享与移送：若发现违法行为属于其他部门管辖范围，应及时移送案件线索，避免重复处理。

4. 罚款数额的确定与分担
   若各部门对罚款数额有争议，需根据以下规则处理：

   • 法定标准优先：若法律明确规定了罚款幅度（如“处10万-50万元罚款”），则需在法定范围内综合考量违法情节、危害后果等因素确定具体数额；
     
   • 比例分担原则：若违法行为涉及多个独立违法事实（如同时污染环境且违规排放），各部门可分别处罚，但罚款总额需合理，不得超出违法行为整体危害程度对应的法定上限；
     
   • 听证与复议程序：当事人对罚款数额有异议的，可依法申请听证或行政复议，由上级机关或复议机构审查罚款的合法性与合理性。

5. 实践中的典型案例参考
   例如，某企业因超标排放污染物且未按规定安装环保设备，被环保部门和应急管理部门同时查处。此时：

   • 环保部门可依据《大气污染防治法》对超标排放行为罚款；
     
   • 应急管理部门可依据《安全生产法》对未安装设备行为罚款；
     
   • 若两部门均主张罚款且违法事实重叠，则需通过联合执法或政府协调确定管辖，避免重复处罚。

建议：若您或您的企业面临此类情况，可主动与相关部门沟通，要求其出具书面管辖依据，并保留相关证据（如立案通知书、调查笔录等）。如对处罚决定有异议，务必在法定期限内申请行政复议或提起行政诉讼，以维护合法权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律问题。