结论：迟到一个月但有加班的情况下，公司是否可以扣工资需分情况讨论，具体取决于公司的规章制度、劳动合同的约定以及相关法律法规的规定。以下从多个角度进行分析：

1. 公司规章制度与劳动合同的约定

   • 规章制度合法有效：如果公司的规章制度中明确规定了迟到、早退等行为的扣款标准，并且这些规章制度已经通过民主程序制定、公示，且不违反法律法规的强制性规定，那么公司有权依据这些规章制度对迟到的员工进行扣款。
   • 劳动合同有约定：如果劳动合同中明确约定了迟到、早退等行为的处理方式，包括扣款等，那么公司也有权依据劳动合同的约定进行处理。但同样，这些约定不能违反法律法规的强制性规定。
   • 加班与扣款的独立性：加班工资和迟到扣款是两个独立的概念。加班工资是员工因超出正常工作时间工作而应获得的额外报酬，而迟到扣款则是公司对员工违反规章制度或劳动合同约定的行为进行的处罚。因此，即使员工有加班，也不能直接抵消其迟到的扣款。

2. 法律法规的规定

   • 最低工资标准：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，公司支付给员工的工资不得低于当地的最低工资标准。如果公司因迟到扣款导致员工的工资低于最低工资标准，那么这种扣款行为是违法的。
   • 扣款比例限制：即使公司的规章制度或劳动合同中约定了扣款，扣款的比例也受到一定限制。一般来说，扣款不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地的最低工资标准。
   • 加班工资的支付：根据《中华人民共和国劳动法》的规定，员工加班的，公司应当按照法定标准支付加班工资。加班工资的计算通常基于员工的正常工资和加班时间，与迟到扣款无直接关联。

3. 实际操作建议

   • 核对规章制度与劳动合同：员工应首先核对公司的规章制度和劳动合同，了解其中关于迟到、早退和加班的规定。
   • 与公司沟通：如果员工认为公司的扣款行为不合理或违法，可以与公司进行沟通，要求公司说明扣款的依据和计算方式。
   • 寻求法律援助：如果沟通无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。

举例说明：假设某员工的月工资为5000元，当地最低工资标准为2000元。如果该员工迟到一个月，公司根据规章制度决定扣款1000元。但考虑到该员工的加班工资为800元，公司实际支付的工资为4800元（5000元-1000元+800元中的加班工资部分已单独计算，此处仅作示例说明扣款后的工资情况，实际加班工资计算可能更复杂）。然而，如果扣款后工资低于最低工资标准（即4800元中的基本工资部分若低于2000元，则违法），则公司的扣款行为可能违法。此外，如果公司规章制度或劳动合同中未明确规定扣款比例或方式，公司也可能面临法律风险。

总结与建议：迟到一个月但有加班的情况下，公司是否可以扣工资需根据具体情况判断。员工应了解自己的权益和公司的规章制度，必要时与公司沟通或寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。