在逃人员回国后主动投案的，司法机关会根据具体情况依法从轻或减轻处罚，部分情节轻微的可免除处罚。具体处理方式需结合投案时机、犯罪性质、认罪态度等因素综合判断，以下是详细分析：

1. 投案时机的法律意义
   根据《刑法》第六十七条，犯罪嫌疑人自动投案并如实供述罪行的，构成自首。若在逃人员回国后第一时间向公安机关、检察院或法院投案，属于典型的自首行为，司法机关会依法从宽处理。例如，若在逃期间未实施新的犯罪，且主动配合调查，可能获得减轻处罚的机会。

2. 犯罪性质与情节的影响

   • 轻微犯罪：若犯罪情节较轻（如初犯、偶犯、主观恶性小），且投案后积极退赃、赔偿损失，可能被免予刑事处罚或适用缓刑。
     
   • 严重犯罪：若涉及故意杀人、抢劫等暴力犯罪，或逃亡期间继续犯罪，虽投案可减轻处罚，但难以完全免责。司法机关会重点审查其悔罪表现和社会危害性。

3. 认罪态度与配合程度
   投案后需如实供述全部犯罪事实，包括同案犯信息、赃款去向等。若存在隐瞒、翻供或串供行为，可能丧失自首认定资格。此外，主动协助追缴赃款、修复社会关系（如赔偿被害人）会进一步增加从宽可能性。

4. 国际司法合作的影响
   若在逃人员涉及跨国犯罪（如诈骗、贩毒），且被国际刑警组织通缉，回国投案可能涉及引渡程序。但主动投案通常优于被强制遣返，后者可能被视为“被动归案”，影响自首认定。

实务建议：

• 投案前可委托律师协助准备自首材料，确保供述完整性和法律程序合规性。
  
• 投案后应保持配合态度，避免与同案犯或亲属串供，防止加重处罚。
  
• 若对罪名或量刑有异议，可在审判阶段依法提出辩护意见，但切勿在投案阶段隐瞒事实。

如有具体案件细节（如犯罪类型、逃亡时间等），可进一步向我咨询，我会结合法律条文和司法实践为您分析。