结论：对方单位注销后是否需要支付工程款，需根据注销程序、债务承接情况及诉讼时效等因素综合判断，具体分以下几种情况分析：

1. 若单位未经合法清算即注销，债权人可追究股东/出资人责任
   根据《公司法》第183条及《最高人民法院关于适用〈公司法〉若干问题的规定（二）》第18-20条，若公司未经清算即办理注销登记，导致债权人无法主张债权，债权人可要求股东、实际控制人或清算义务人（如董事）对公司债务承担清偿责任。
   实务要点：需证明公司注销时未履行清算义务（如未通知债权人、未公告等），且股东存在过错（如恶意注销逃避债务）。

2. 若单位已合法清算但未清偿工程款，债权人可申报债权或起诉承接主体

   • 清算程序中未申报债权：若公司注销时已成立清算组并公告，但债权人未在法定期限内申报债权（通常为45日），根据《公司法》第185条，债权人可能丧失通过清算程序受偿的权利，但仍可起诉要求股东以剩余财产清偿（需证明公司财产未分配完毕）。
     
   • 债务承接主体存在：若公司注销时约定由第三方（如股东、关联公司）承接债务，债权人可直接要求承接方支付工程款（需保留债务承接协议等证据）。

3. 若单位为“吊销后注销”，债权人仍可追责
   企业被吊销营业执照后，股东应在15日内成立清算组开始清算。若股东未履行清算义务导致公司财产贬值、流失或灭失，债权人可依据《公司法》第183条要求股东赔偿损失（包括工程款及利息）。

4. 诉讼时效与证据保留是关键

   • 诉讼时效：工程款债权诉讼时效为3年，自知道或应当知道权利受损之日起计算。若公司注销导致债权人无法主张权利，时效可能中止，待确定责任主体后重新计算。
     
   • 证据保留：需保留合同、结算单、验收报告、催款记录等证据，以证明债权存在及金额。若公司已注销，还需调取工商档案中的清算报告、注销决定等文件，明确责任主体。

建议行动步骤：

1. 立即调取对方单位的工商档案，确认注销程序是否合法、是否存在债务承接协议；
   
2. 若发现清算程序违法或债务承接主体，尽快向法院起诉要求股东/承接方支付工程款；
   
3. 若公司已无财产且股东无过错，可尝试申请对方单位破产（若未完成注销）或参与剩余财产分配（若已进入清算程序）。
   

如有进一步证据或细节需要分析，可直接向我咨询，我会结合具体案情为您制定维权方案。