用人单位仅以劳动者工作不满三个月为由扣除其工资，通常是违法的。以下是从不同角度进行的详细分析：
法律依据
《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一规定明确保护了劳动者的工资报酬权，用人单位不得随意克扣。
《中华人民共和国劳动合同法》：该法也强调，用人单位不得克扣或无故拖欠工资，且仅在法定情形下（如代扣代缴个人所得税、社会保险费用，或因劳动者原因给用人单位造成经济损失且按约定赔偿等）才可代扣工资。
合法扣工资的特殊情况
尽管一般情况下扣工资是不合法的，但也存在一些特殊情况，其中并不包括仅因工作不满三个月就扣工资的情形：
经济损失赔偿：如果劳动者因自身原因给用人单位造成了经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求其赔偿。但赔偿的扣除需遵循每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准的原则。
试用期解除劳动合同：劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。在此情况下，用人单位应当结清劳动者工资，不得因劳动合同解除而随意克扣。但这一情形同样不适用于仅因工作不满三个月就扣工资的情况。
不合法扣工资的情形及后果
无故克扣工资：若劳动者正常提供了劳动，且无违规或造成损失的情况，用人单位无故扣减工资是不合法的。劳动者有权要求用人单位补发被扣除的工资，并可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁、诉讼。
扣除工资后低于最低工资标准：根据《最低工资规定》，用人单位支付给劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。若扣减后的工资低于此标准，则扣工资行为不合法，劳动者同样有权要求补发并维权。
劳动者应对措施
面对用人单位以工作不满三个月为由扣除工资的情况，劳动者可以采取以下措施维护自己的权益：
协商解决：首先尝试与用人单位进行协商，要求其补发被扣除的工资。这是解决纠纷最直接且成本较低的方式。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门进行投诉。劳动监察部门将依法对用人单位进行调查和处理。
提起劳动仲裁或诉讼：若投诉仍无法解决问题，劳动者可以选择提起劳动仲裁或诉讼。通过法律程序，劳动者可以要求用人单位承担法律责任，并追回被扣除的工资。
总结来说，用人单位仅以劳动者工作不满三个月为由扣除其工资，通常是违法的。劳动者在遭遇此类不合法情况时，应积极采取措施维护自己的合法权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。