建设工程施工合同纠纷案件的管辖权，主要依据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释来确定，遵循不动产所在地人民法院专属管辖的原则，并需综合考虑案件的级别管辖。以下是对此问题的详细分析：
一、专属管辖原则
不动产所在地管辖：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十四条及《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二十八条第二款规定，因不动产纠纷提起的诉讼，包括建设工程施工合同纠纷，由不动产所在地人民法院专属管辖。
- 不动产所在地指的是建设工程项目的实际施工地或所在地。这一原则确保了受诉法院能够方便地对工程进行勘验、检查，保全证据，有利于案件审理与执行。
专属管辖的排他性：
- 专属管辖具有排他性，一旦确定了由不动产所在地人民法院管辖，其他法院就无权再受理该案件。这有助于避免管辖权的冲突和重复诉讼，提高司法效率。
- 因此，建设工程施工合同纠纷不能通过协议改变管辖法院，即便当事人在合同中约定了其他管辖法院，该约定也会因违反专属管辖的规定而无效。
二、级别管辖的确定
基层人民法院：
- 大多数建设工程施工合同纠纷案件由基层人民法院管辖，负责审理一般的、诉讼标的额相对较小、在当地影响不大的案件。
中级人民法院：
- 当案件的诉讼标的额达到一定标准，或者案件具有重大影响时，可能由中级人民法院管辖。具体标准由省、自治区、直辖市高级人民法院根据实际情况确定，例如某些省份规定，争议金额在一定数额以上的建设工程施工合同纠纷案件，由中级人民法院管辖。
高级人民法院与最高人民法院：
- 高级人民法院管辖本辖区内具有重大影响的第一审民事案件，而最高人民法院则管辖全国范围内具有重大影响的第一审民事案件。这两级法院通常不直接受理一般的建设工程施工合同纠纷案件。
三、实例分析
例如，在A市的某建设工程项目中，因该项目的施工合同发生纠纷。根据上述法律规定和原则，该纠纷应由A市的不动产所在地人民法院专属管辖。具体由哪一级法院管辖，则需根据案件的标的额、影响范围等因素来确定。如果案件性质一般，标的额较小，通常由A市的基层人民法院管辖；如果案件具有重大影响或标的额巨大，则可能由A市的中级人民法院甚至更高级别的法院管辖。
四、特殊情况与注意事项
特殊情况的例外：
- 虽然专属管辖原则严格，但在某些特殊情况下，如双方当事人在合同中明确约定了管辖法院，并且该约定不违反专属管辖规定时（实际上这种情况几乎不存在，因为专属管辖具有排他性），也可能按照当事人的约定来确定管辖权。但这种情况极为罕见，且必须严格遵守不动产所在地管辖的原则。
管辖权异议：
- 当事人对管辖法院有异议的，应在提交答辩状期间提出管辖权异议申请。法院将依法审查并作出裁定，对裁定不服的可提起上诉。
总结与建议：
建设工程施工合同纠纷的管辖权确认是一个涉及法律程序和地域管辖的复杂问题。在实际操作中，应根据具体情况来确定具体的管辖法院，并确保诉讼活动的合法性和有效性。如果你面临此类纠纷，建议首先明确不动产所在地，然后根据案件的标的额和影响范围等因素，确定具体的管辖法院。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。