结论前置：股权转让协议中可以约定由受让人实缴出资，并且可以约定违约责任。以下从法律背景、具体约定方式及违约责任承担等角度进行详细分析：
一、法律背景
根据《中华人民共和国公司法》及相关司法解释，股东应当按期足额缴纳公司章程中规定的各自所认缴的出资额。在股权转让的情境下，若原股东未实缴出资，其与受让人可以在股权转让协议中明确约定由受让人承担实缴出资的义务。这种约定是双方真实意思的表示，且不违反法律法规的强制性规定，因此是合法有效的。
二、具体约定方式
明确实缴义务：在股权转让协议中，应明确约定受让人承担实缴出资的义务，包括实缴的金额、时间、方式等具体细节。这有助于确保双方对实缴义务有清晰的认识，避免后续产生纠纷。
约定违约责任：为了保障股权转让协议的履行，双方还可以约定违约责任。例如，若受让人未按约定时间实缴出资，应向转让方支付违约金或赔偿损失等。这种约定有助于增强协议的约束力，促使双方积极履行义务。
三、违约责任承担
违约金支付：若受让人未按约定实缴出资，转让方有权要求其支付违约金。违约金的数额可以在股权转让协议中预先约定，也可以根据实际损失进行计算。但需要注意的是，违约金的数额应合理，不得过高或过低，以免被法院认定为无效或调整。
赔偿损失：除了支付违约金外，受让人还可能因未实缴出资给转让方造成其他损失，如因资金短缺导致的经营困难、信誉受损等。在这种情况下，转让方有权要求受让人赔偿实际损失。赔偿损失的范围应以实际损失为限，且需要转让方提供充分的证据予以证明。
四、实际操作建议
明确协议条款：在签订股权转让协议时，双方应仔细阅读协议条款，确保对实缴义务和违约责任有清晰的认识。如有疑问或需要修改的地方，应及时与对方沟通并达成一致意见。
保留相关证据：在履行股权转让协议的过程中，双方应保留好相关证据，如转账记录、收据、沟通记录等。这些证据在后续产生纠纷时将起到至关重要的作用。
及时寻求法律帮助：若双方在履行股权转让协议过程中产生纠纷或无法达成一致意见，应及时寻求法律帮助。作为专业律师，我可以根据具体情况提供法律建议或代理诉讼等法律服务。
最后，股权转让协议中约定由受让人实缴出资并承担违约责任是合法且可行的。但双方在签订协议时应明确条款、保留证据，并在必要时及时寻求法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。