结论：设计院不同意设计变更但同意在工作联系单上盖章的行为，其合规性需结合具体情况分析，不能一概而论。以下从不同角度进行详细阐述：
一、从合同变更的法律角度分析
合同变更需双方协商一致：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同变更应当遵循平等、自愿、公平和诚实信用的原则，且通常需要双方协商一致并签订书面变更协议。若设计院不同意设计变更，从合同变更的法律程序上看，未经双方协商一致的设计变更是不具有法律效力的。
工作联系单盖章的法律效力：
- 工作联系单通常是项目执行过程中用于沟通、确认事项的书面文件。设计院在工作联系单上盖章，可能仅表示对工作联系单内容的认可或确认，但并不必然表示对设计变更的同意。因此，需具体分析工作联系单的内容，以确定盖章行为是否构成对设计变更的同意。
二、从实际操作和行业惯例的角度分析
设计变更的复杂性：
- 设计变更可能涉及多个方面，如结构安全、功能调整、成本变化等。设计院作为专业机构，对设计变更的审慎态度是合理的。即使在工作联系单上盖章，也可能仅是对某些非关键性事项的确认，而非对设计变更的全面同意。
行业惯例和沟通方式：
- 在建筑行业，设计变更通常需要经过严格的审批流程，包括设计院的内部审核、建设单位的确认等。工作联系单可能只是这一流程中的一个环节。因此，设计院在工作联系单上盖章，可能只是表示收到了变更请求或确认了某些事实，而并非表示同意变更。
三、法律建议
明确工作联系单的内容：
- 建议仔细审查工作联系单的具体内容，特别是关于设计变更的部分。如果工作联系单中明确提到了设计变更，并得到了设计院的盖章确认，那么可以认为设计院对设计变更表示了同意。但如果没有明确提及或仅表示对某些非关键性事项的确认，则不能认为设计院同意了设计变更。
签订书面变更协议：
- 为了避免纠纷和明确双方的权利义务，建议在涉及设计变更时，双方应签订书面的变更协议。变更协议应详细列明变更的内容、范围、时间、费用等关键条款，并由双方签字盖章确认。
保留相关证据：
- 在项目执行过程中，建议保留所有与变更相关的书面文件、电子邮件、会议纪要等证据。这些证据在发生纠纷时将起到至关重要的作用。
总结：设计院不同意设计变更但同意在工作联系单上盖章的行为，其合规性需结合具体情况分析。为了避免纠纷和明确双方的权利义务，建议在涉及设计变更时签订书面的变更协议，并保留好相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。