施工合同中发包方约定的对施工方的处罚条款，并不一定违反合同的公平公正原则，是否违反需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：
一、合同公平公正原则的基本要求
合同公平公正原则要求合同双方在订立、履行合同过程中，应当遵循公平、公正的原则，合理确定双方的权利和义务。这包括合同条款的设定应当合理，不得显失公平，即一方不得利用自己的优势地位，迫使对方接受不公平的合同条款。
二、处罚条款可能违反公平公正原则的情形
处罚条款过于严苛：
- 如果发包方约定的处罚条款过于严苛，如罚款金额过高、处罚方式过于严厉，且没有合理的依据或标准，那么这样的条款可能构成显失公平，违反合同的公平公正原则。
- 例如，合同中约定施工方每迟到一天就罚款合同总金额的1%，这样的条款显然过于严苛，可能违反公平公正原则。
处罚条款缺乏合理性：
- 处罚条款应当与施工方的违约行为或过错程度相适应。如果处罚条款与违约行为或过错程度明显不成比例，那么这样的条款也可能违反公平公正原则。
- 例如，施工方因轻微疏忽导致部分工程延期，但发包方却要求施工方承担巨额罚款，这样的条款可能缺乏合理性。
处罚条款未明确告知或协商：
- 如果发包方在订立合同时未明确告知施工方处罚条款的具体内容，或者未与施工方进行充分协商就单方面设定处罚条款，那么这样的条款可能因缺乏透明度而违反公平公正原则。
三、处罚条款不违反公平公正原则的情形
处罚条款合理且明确：
- 如果发包方约定的处罚条款合理且明确，有合理的依据或标准，且与施工方的违约行为或过错程度相适应，那么这样的条款通常不会违反合同的公平公正原则。
- 例如，合同中约定施工方因严重违约导致工程延期，需按照延期天数支付一定比例的违约金，这样的条款是合理且明确的。
施工方同意并接受处罚条款：
- 如果施工方在订立合同时明确同意并接受了发包方设定的处罚条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么这样的条款通常也不会被视为违反公平公正原则。
四、法律建议
审查合同条款：
- 在订立施工合同时，双方应仔细审查合同条款，特别是处罚条款，确保其合理、明确且不违反公平公正原则。
充分协商：
- 双方应就合同条款进行充分协商，确保各自的权利和义务得到合理确定。对于处罚条款，应明确其适用范围、处罚方式和标准等。
寻求法律帮助：
- 如果对合同条款存在疑问或争议，双方可以寻求专业律师的法律帮助，以确保合同条款的合法性和合理性。
如有任何关于施工合同或合同纠纷的法律问题，都可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供专业的法律意见和帮助。