原合同是三方签署，现在合同两方之间签署补充协议，在符合一定条件下是合法的。以下从不同角度进行分析：
一、合法性基础
合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方在平等、自愿的基础上，有权对原合同进行变更或补充。这意味着，只要两方之间签署补充协议是出于自愿，且没有违反法律、行政法规的强制性规定，该补充协议就是合法的。
不损害第三方利益：在三方签署的原合同中，如果两方之间签署的补充协议没有损害第三方的合法权益，那么该补充协议也是有效的。例如，如果补充协议只是对原合同中两方之间的权利义务进行了调整，而没有影响到第三方的权益，那么该补充协议就是合法的。
二、可能存在的风险及防范
第三方反对或提出异议：如果补充协议的内容涉及到了第三方的利益，或者第三方认为补充协议损害了其合法权益，那么第三方可能会提出异议或反对。在这种情况下，两方之间签署的补充协议可能会面临无效的风险。因此，在签署补充协议前，最好能够征得第三方的同意或至少通知第三方，以避免不必要的法律纠纷。
补充协议内容违法或违规：如果补充协议的内容违反了法律、行政法规的强制性规定，或者违背了公序良俗，那么该补充协议也是无效的。因此，在签署补充协议前，双方应仔细审查协议内容，确保其合法合规。
三、实际操作建议
明确补充协议的目的和内容：在签署补充协议前，双方应明确补充协议的目的和内容，确保其与原合同相衔接，且不违反法律、行政法规的强制性规定。
征得第三方同意或通知第三方：如果补充协议的内容涉及到了第三方的利益，或者可能影响到第三方的权益，那么最好能够征得第三方的同意或至少通知第三方，以避免不必要的法律纠纷。
签署书面协议并保留证据：为了确保补充协议的合法性和有效性，双方应签署书面协议，并保留好相关证据，如签署过程、协议内容等。这样，在发生法律纠纷时，双方可以提供充分的证据来维护自己的合法权益。
总结来说，原合同是三方签署，现在合同两方之间签署补充协议在符合合同自由原则、不损害第三方利益且内容合法合规的条件下是合法的。但为了避免潜在的法律风险，双方在签署补充协议前应仔细审查协议内容，并尽可能征得第三方的同意或通知第三方。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。