结论：村集体将集体建设用地转为国有土地后，一般不能直接通过协议出让自行改造，但符合特定条件的除外。具体程序需根据是否符合协议出让条件分情况说明。
一、核心前提与法律背景
根据《土地管理法》《城市房地产管理法》及《协议出让国有土地使用权规定》，集体建设用地转为国有土地后，需通过招拍挂或协议出让方式供应土地使用权。协议出让仅适用于特定情形（如工业用地、兼容用途混合用地、政府组织实施的保障性项目等），且需严格履行法定程序。
二、分情况说明程序与条件
情况1：不符合协议出让条件（需招拍挂）
若改造项目不属于协议出让范围（如商业、住宅等经营性用地），则必须通过招标、拍卖、挂牌方式公开出让土地使用权。程序如下：
- 规划条件确认
- 村集体向自然资源部门申请核发《规划条件》，明确土地用途、容积率、建筑密度等规划指标。
- 土地征收与转用审批
- 完成集体建设用地征收为国有土地的审批手续（需省级政府或国务院批准）。
- 土地储备与供应
- 公开出让
- 通过公共资源交易平台发布出让公告，组织竞买人报价，确定受让人。
- 签订出让合同
- 受让人与自然资源部门签订《国有建设用地使用权出让合同》，缴纳土地出让金。
情况2：符合协议出让条件（可协议出让）
若改造项目属于以下情形之一，可申请协议出让：
- 工业用地；
- 兼容用途混合用地（如商业+办公）；
- 政府组织实施的保障性安居工程、基础设施项目；
- 原划拨土地使用权人申请办理出让（如村集体以划拨方式取得土地后申请补办出让）。
程序如下：
- 申请与受理
- 村集体向自然资源部门提交协议出让申请，附项目可行性报告、规划条件等材料。
- 地价评估与核定
- 委托土地评估机构评估地价，自然资源部门核定出让底价。
- 供地方案审批
- 自然资源部门编制供地方案，报有批准权的人民政府审批。
- 签订出让合同
- 审批通过后，村集体（或其设立的项目公司）与自然资源部门签订出让合同，缴纳出让金。
- 办理不动产登记
- 凭出让合同、出让金缴纳凭证等材料，申请办理国有建设用地使用权登记。
三、关键风险提示
- 协议出让限制：若项目涉及商业、住宅等经营性用地，几乎不可能通过协议出让，需严格招拍挂。
- 规划合规性：改造前需确保土地用途符合国土空间规划，否则需先调整规划。
- 村集体决策程序：土地处置需经村民会议或村民代表会议三分之二以上成员同意，并公示无异议。
- 土地出让金缴纳：协议出让需按核定地价全额缴纳出让金，拖欠可能导致合同无效。
四、建议行动步骤
- 核查土地性质：确认土地是否已依法征收为国有，且无权属纠纷。
- 咨询自然资源部门：向当地自然资源局确认项目是否符合协议出让条件。
- 委托专业机构：聘请土地规划、法律顾问协助编制供地方案、评估地价。
- 履行民主程序：按《村民委员会组织法》召开村民会议，形成书面决议。
如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案例为您详细分析。