核心结论：土地擅自改变用途被处罚后，退还土地的结案方式主要涉及行政处罚执行完毕、行政复议或诉讼程序终结以及结案报告与归档这几个环节。以下为你详细阐述：

1. 行政处罚执行完毕
   • 自行纠正与退还：当土地使用者擅自改变土地用途，被自然资源主管部门作出责令退还土地等行政处罚决定后，土地使用者首先需要自行纠正违法行为，按照处罚决定的要求，将土地恢复到原来的用途状态，并实际退还土地。例如，原本是农业用地，被非法改为建设用地，此时就要拆除违法建设的建筑物、构筑物，将土地恢复为可耕种的状态后退还。
   • 执行确认：自然资源主管部门会对土地使用者的退还土地情况进行检查核实。如果确认土地已经按照要求退还，且违法行为得到纠正，那么行政处罚的执行环节就基本完成。这是结案的重要前提，只有确保处罚决定得到有效执行，才能进入后续的结案程序。
2. 行政复议或诉讼程序终结（如有）
   • 行政复议情况：如果土地使用者对自然资源主管部门作出的退还土地等行政处罚决定不服，在法定期限内申请了行政复议。在行政复议过程中，复议机关会对处罚决定的合法性和合理性进行审查。如果复议机关维持了原处罚决定，土地使用者需要继续履行退还土地等义务；如果复议机关撤销或变更了处罚决定，自然资源主管部门需要根据复议决定进行相应的处理。只有当行政复议程序终结，且最终的复议决定得到落实，才能为结案创造条件。
   • 行政诉讼情况：若土地使用者对行政复议结果仍不满意，或者在法定期限内直接向人民法院提起了行政诉讼。在诉讼过程中，法院会对案件进行审理并作出判决。如果法院判决维持了行政处罚决定，土地使用者必须履行退还土地等义务；如果法院判决撤销或变更了处罚决定，自然资源主管部门要依据判决执行。当行政诉讼程序终结，判决结果得以执行，也是结案的关键环节。
3. 结案报告与归档
   • 结案报告撰写：在行政处罚执行完毕，且相关的行政复议或诉讼程序终结后，自然资源主管部门负责办理该案件的工作人员需要撰写结案报告。结案报告应详细记录案件的基本情况，包括土地使用者的信息、违法改变用途的土地位置和面积、违法事实的认定、行政处罚的决定内容、处罚决定的执行情况以及行政复议或诉讼的相关情况等。
   • 审批与归档：结案报告撰写完成后，需要按照内部审批流程提交给相关领导进行审批。审批通过后，将该案件的所有材料，如调查笔录、处罚决定书、复议或诉讼文书等，进行整理归档，以便日后查询和统计。至此，整个土地擅自改变用途处罚退还土地的案件才算正式结案。

在实际操作中，不同地区可能会根据当地的实际情况和具体政策，对结案流程和要求有一定的差异。如果你在处理此类案件过程中遇到具体问题，欢迎随时向我咨询。