针对上市公司违规担保被立案后的处罚问题，这通常涉及多个层面的法律后果，包括民事、行政乃至刑事处罚，具体取决于违规行为的性质、情节以及造成的后果。以下是对此问题的详细解答：
一、民事处罚
确认担保无效：
- 如果上市公司的违规担保行为违反了法律法规或公司章程的规定，相关担保合同可能被法院或仲裁机构确认为无效。这意味着担保人（即上市公司）无需承担担保责任，但可能需根据过错程度承担一定的赔偿责任。
赔偿损失：
- 若违规担保行为给公司或股东造成了经济损失，相关责任人（如董事、高级管理人员等）可能需要承担赔偿责任。这通常通过股东代表诉讼或直接诉讼来实现，股东可以要求法院判决责任人赔偿公司或股东的损失。
二、行政处罚
监管机构的处罚：
- 上市公司违规担保行为一旦被发现，监管机构（如证监会）可能会对其进行行政处罚。处罚措施可能包括警告、罚款、没收违法所得、责令改正、限制业务活动、暂停或撤销业务许可等。
公开谴责或通报批评：
- 监管机构还可能对上市公司及其相关责任人进行公开谴责或通报批评，以维护市场秩序和投资者信心。
三、刑事处罚
涉嫌犯罪情形的处理：
- 如果上市公司的违规担保行为涉及刑事犯罪，如职务侵占、挪用资金、背信损害上市公司利益等，相关责任人可能面临刑事指控。一旦被定罪，他们可能面临有期徒刑、罚金等刑事处罚。
刑事立案流程：
- 在涉嫌犯罪的情况下，股东或监管机构可以向公安机关报案。公安机关将进行初步审查，如果认为符合立案条件，将受理并展开侦查。侦查结束后，如果证据充分，将移送检察机关审查起诉。最终，由法院进行审判并作出判决。
四、其他后果
声誉损害：
- 违规担保行为还会对上市公司的声誉造成严重影响，可能导致投资者信心下降、股价下跌等后果。
公司治理结构调整：
- 为了防止类似违规行为再次发生，上市公司可能需要对其公司治理结构进行调整，如加强内部控制、完善决策机制等。
应对建议
- 及时自查自纠：上市公司应定期进行自查，确保所有担保行为均符合法律法规和公司章程的规定。
- 加强内部控制：建立健全内部控制制度，明确担保决策的权限和程序，防止未经授权或违规的担保行为发生。
- 积极配合调查：一旦被立案调查，上市公司应积极配合监管机构的工作，提供必要的资料和证据，以减轻可能的处罚。
- 寻求法律帮助：在面临复杂的法律问题时，上市公司应寻求专业法律机构的帮助，以确保自身权益得到妥善保护。
综上所述，上市公司违规担保被立案后可能面临的处罚是多方面的，包括民事、行政和刑事处罚等。因此，上市公司应严格遵守相关法律法规和公司章程的规定，加强内部控制和风险管理，以防范违规担保行为的发生。