虚开增值税发票案件主要由税务部门和公安部门负责处理，具体分工如下：

1. 税务部门（国家税务总局及其下属机构）
   税务部门是虚开增值税发票案件的行政执法主体，负责日常税务稽查、发票管理以及行政处罚。

   • 职责范围：
     
     • 对涉嫌虚开发票的企业或个人进行税务检查，调取账簿、发票等资料；
       
     • 根据调查结果作出行政处罚（如补缴税款、滞纳金、罚款）；
       
     • 将涉嫌犯罪的案件移送公安机关立案侦查。
       
   • 法律依据：
     
     • 《中华人民共和国税收征收管理法》第六十三条（偷税处罚）；
       
     • 《中华人民共和国发票管理办法》第二十二条（虚开发票的行政责任）。

2. 公安部门（经侦部门）
   公安部门负责虚开增值税发票案件的刑事侦查，尤其是当案件达到刑事立案标准时。

   • 职责范围：
     
     • 对税务部门移送的案件或自行发现的线索立案侦查；
       
     • 采取强制措施（如拘留、逮捕）并收集犯罪证据；
       
     • 将案件移送检察机关审查起诉。
       
   • 法律依据：
     
     • 《中华人民共和国刑法》第二百零五条（虚开增值税专用发票罪）；
       
     • 《刑事诉讼法》关于经济犯罪侦查的规定。

3. 其他协作部门

   • 检察机关：负责审查起诉、提起公诉及法律监督；
     
   • 人民法院：负责审判定罪及量刑；
     
   • 海关、银行等：在涉及跨境虚开或资金流转时提供协助。

补充说明：

• 若案件仅涉及行政违法（如虚开发票但未达到刑事标准），通常由税务部门单独处理；
  
• 若案件涉及重大经济犯罪（如虚开税款数额巨大、团伙作案），税务部门与公安部门会联合成立专案组。
  

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