违反羁押程序的处理方式需根据具体违法情形及后果，结合法律救济途径和责任追究机制综合判断，以下是具体分析：

1. 程序违法类型与法律后果

   • 超期羁押：若侦查、审查起诉或审判阶段超过法定羁押期限（如逮捕后一般2个月，特殊情况可延长），根据《刑事诉讼法》第98条，犯罪嫌疑人、被告人及其法定代理人、近亲属或辩护人有权申请解除或变更强制措施。处理方式：法院、检察院或公安机关应立即释放或变更强制措施（如取保候审、监视居住），并可能对直接责任人员给予处分；构成犯罪的（如滥用职权罪），依法追究刑事责任。
     
   • 未依法通知家属：根据《刑事诉讼法》第85条，拘留、逮捕后应在24小时内通知家属（除无法通知或涉嫌危害国家安全犯罪、恐怖活动犯罪通知可能有碍侦查的情形）。处理方式：若未依法通知，家属可向办案机关提出异议，要求补正通知；若因此导致当事人权益受损（如未及时委托律师），可申请国家赔偿或通过申诉程序纠正。
     
   • 非法羁押场所：若将犯罪嫌疑人、被告人羁押在非法定场所（如看守所以外的地点），根据《刑事诉讼法》第83条，处理方式：立即转移至法定羁押场所，并对相关责任人员给予纪律处分或刑事追责。
     

2. 救济途径与责任追究

   • 当事人救济：
     
     • 申请变更强制措施：向办案机关提交书面申请，说明超期羁押、非法羁押等事实及理由，要求释放或变更措施。
       
     • 申诉或控告：向同级或上级检察院提出申诉（检察院为法律监督机关），或向法院提起申诉（如已进入审判阶段），要求纠正违法羁押行为。
       
     • 国家赔偿：若违法羁押导致人身自由权受损，可在羁押解除后2年内向赔偿义务机关（作出错误羁押决定的机关）申请国家赔偿（《国家赔偿法》第17条）。
       
   • 责任人员追责：
     
     • 纪律处分：对违反羁押程序的公安、检察院、法院工作人员，由所在单位或上级机关给予警告、记过、降级等处分（《公务员法》《人民警察法》）。
       
     • 刑事责任：若违法羁押行为构成犯罪（如非法拘禁罪、滥用职权罪），依法追究刑事责任（《刑法》第238条、第397条）。
       

3. 实务建议

   • 及时固定证据：若发现违法羁押，应立即记录羁押时间、地点、通知情况等，并保留书面材料（如拘留证、逮捕证、通知记录）。
     
   • 委托律师介入：律师可通过会见当事人、查阅案卷、与办案机关沟通等方式，监督羁押程序合法性，并代为申请救济。
     
   • 关注时效：国家赔偿申请需在羁押解除后2年内提出，申诉需在知道违法事实后6个月内提出，避免超过时效。
     

总结：违反羁押程序的处理需结合违法类型（如超期、未通知、非法场所）选择救济途径（申请变更、申诉、赔偿），并追究责任人员纪律或刑事责任。若您或他人遭遇此类问题，可直接向我咨询具体操作流程及证据收集要点。