缺席审判程序与违法所得没收程序在一般情况下不应合并，二者在性质、目的和适用条件上存在显著差异。以下是对这一问题的详细分析：
一、缺席审判程序与违法所得没收程序的性质与目的
缺席审判程序：
- 性质：缺席审判是刑事诉讼中的一种特殊审判方式，允许在被告人不到庭的情况下进行审判。
- 目的：主要目的是确保诉讼的顺利进行，及时惩罚犯罪，同时保障被告人的诉讼权利（尽管被告人未到庭，但其辩护权等仍应得到保障）。
违法所得没收程序：
- 性质：违法所得没收程序是一种特别程序，旨在没收犯罪嫌疑人、被告人违法所得及其他涉案财产。
- 目的：主要目的是剥夺犯罪的非法利益，防止犯罪分子从犯罪中获利，同时维护社会秩序和公共利益。
二、缺席审判程序与违法所得没收程序的适用条件
缺席审判程序：
- 通常适用于被告人经传票传唤，无正当理由拒不到庭，或者未经法庭许可中途退庭的情况。
- 也适用于被告人患有严重疾病无法出庭，或者被告人死亡等特定情形。
违法所得没收程序：
- 适用于犯罪嫌疑人、被告人逃匿，在通缉一年后不能到案，或者犯罪嫌疑人、被告人死亡的情况。
- 需要有证据证明涉案财产属于违法所得或其他涉案财产。
三、缺席审判程序与违法所得没收程序不应合并的理由
程序性质不同：
- 缺席审判程序是刑事审判程序的一部分，关注的是对被告人的定罪量刑。
- 违法所得没收程序是特别程序，关注的是对涉案财产的处置。
目的不同：
- 缺席审判程序旨在惩罚犯罪，保障诉讼顺利进行。
- 违法所得没收程序旨在剥夺犯罪的非法利益，维护社会秩序。
适用条件不同：
- 缺席审判程序的适用条件主要关注被告人的到庭情况。
- 违法所得没收程序的适用条件则主要关注犯罪嫌疑人、被告人的逃匿或死亡情况，以及涉案财产的性质。
法律后果不同：
- 缺席审判程序的法律后果是对被告人的定罪量刑。
- 违法所得没收程序的法律后果是对涉案财产的没收。
四、特殊情况下的考虑
尽管在一般情况下缺席审判程序与违法所得没收程序不应合并，但在某些特殊情况下，如被告人逃匿且涉案财产需要立即没收以防止其被转移或隐匿时，可以考虑在缺席审判程序中一并处理违法所得没收问题。然而，这种情况需要严格的法律程序和证据支持，以确保程序的合法性和公正性。但在现行法律框架下，并没有明确规定可以将两者合并进行，因此，在司法实践中，应严格按照各自程序的法律规定进行操作。