针对您提出的“未按规定填写、保管病历资料或者未按规定补记抢救病历处罚了两次是否合法”的问题，这主要取决于具体的处罚依据、处罚程序以及两次处罚之间的关联性。以下是我从不同角度为您进行的分析：
处罚依据的合法性：
- 根据《医疗事故处理条例》以及《病历书写基本规范》等相关法律法规，医疗机构及其医务人员必须按照规定填写、保管病历资料，并在规定时间内补记抢救病历。若违反这些规定，卫生行政部门有权依据相关法律法规进行处罚。
- 若两次处罚均是基于不同的违规事实，且每次处罚都有明确的法律依据，那么两次处罚在法律上是合法的。例如，第一次处罚可能是针对未按规定填写病历资料，而第二次处罚则是针对未按规定保管病历资料或未及时补记抢救病历。
处罚程序的合法性：
- 处罚程序必须符合法定要求，包括处罚前的调查、告知、听证等环节，以及处罚决定的作出和送达等。
- 若两次处罚均遵循了法定程序，且医疗机构或医务人员在每次处罚前都得到了充分的陈述和申辩机会，那么两次处罚在程序上也是合法的。
两次处罚之间的关联性：
- 如果两次处罚是基于同一违规事实或紧密相关的违规行为，且处罚机构在第一次处罚时已经对该违规行为进行了全面调查和处理，那么第二次处罚可能构成重复处罚，这在法律上是不被允许的。
- 若两次处罚之间缺乏独立性，即第二次处罚没有新的违规事实或法律依据，那么医疗机构或医务人员有权对第二次处罚提出异议，并可以通过法律途径维护自己的合法权益。
具体案例分析：
- 在实际操作中，是否构成重复处罚需要具体分析两次处罚的依据、事实和程序。例如，如果第一次处罚是针对未按规定填写病历资料的某一具体行为，而第二次处罚是针对同一病历资料在保管过程中的另一违规行为（如丢失、损毁等），且这两次违规行为在时间上、行为性质上均有所区别，那么两次处罚可能是合法的。
- 反之，如果两次处罚都是针对同一病历资料的同一违规行为（如未填写或未保管），且没有新的违规事实或法律依据支持第二次处罚，那么第二次处罚就可能构成重复处罚。
建议：
- 如果您或您所在的医疗机构面临类似情况，建议首先仔细审查两次处罚的决定书和相关证据材料，明确每次处罚的依据、事实和程序。
- 如果认为第二次处罚构成重复处罚或存在其他违法情形，可以及时向作出处罚决定的卫生行政部门提出异议或申请行政复议。
- 如有必要，还可以寻求专业法律帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。
最后，医疗纠纷和医疗事故赔偿领域的问题往往复杂多变，具体情况需要具体分析。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。