结论：职务侵占案件在检察院作出不起诉决定后，经侦阶段一般无法直接进行调解，但存在例外情形。具体需结合案件阶段、性质及双方意愿综合判断。

1. 经侦阶段的性质与调解空间

经侦（经济犯罪侦查）是公安机关对经济犯罪案件的侦查阶段，主要任务是收集证据、查明事实，而非直接处理民事赔偿或纠纷。根据《刑事诉讼法》规定，调解通常适用于刑事附带民事诉讼或自诉案件，而职务侵占罪属于公诉案件，侦查阶段公安机关无权直接主持调解。

例外情形：若案件情节轻微、涉案金额较小，且双方（企业与嫌疑人）自愿达成和解（如退赔损失、取得谅解），公安机关可能根据《刑事诉讼法》第163条，将案件移送检察院时建议从宽处理，但调解本身并非法定程序。

2. 不起诉决定后的处理路径

若检察院已作出不起诉决定（如存疑不起诉、相对不起诉），案件在法律上已终结刑事程序。此时：

• 民事赔偿部分：双方可自行协商或通过民事诉讼解决争议（如企业要求赔偿损失）。
• 行政处罚：若职务侵占行为违反《治安管理处罚法》或行业规定，公安机关可能依法给予行政处罚，但此与“调解”无关。
• 内部处理：企业可依据内部规章制度对涉事员工进行处分（如辞退、扣发奖金等）。

3. 调解的替代方案

若双方希望在刑事程序外化解矛盾，可考虑：

• 刑事和解：在侦查或审查起诉阶段，若嫌疑人认罪认罚、退赔损失并取得谅解，检察院可能依据《刑事诉讼法》第288条作出不起诉或从宽量刑建议（但需在刑事程序内完成）。
• 第三方调解：通过人民调解委员会、行业协会等机构主持调解，达成民事赔偿协议后，企业可向检察院提交谅解书，影响案件处理结果。

4. 实务建议

• 企业角度：若发现职务侵占行为，应及时固定证据并报警，同时可与嫌疑人协商退赔以争取从宽处理；若已不起诉，可通过民事诉讼追偿。
• 嫌疑人角度：主动退赔、认罪认罚是争取不起诉或轻判的关键，但需在刑事程序内完成，而非依赖经侦调解。

总结：职务侵占案件的调解需严格区分刑事与民事程序，经侦阶段无直接调解权，但双方可通过退赔、谅解等方式间接影响案件走向。如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合证据和法律条款为您分析最优方案。