结论：针对双方共同购买商铺且存在每间差价纠纷的情况，可以通过民事诉讼的方式向法院提起诉讼，要求法院对差价问题进行裁决。以下是具体的诉讼流程和注意事项：

一、诉讼准备

1. 收集证据：

   • 购房合同：证明双方共同购买商铺的事实及合同中的相关条款。
   • 付款凭证：证明双方各自支付的购房款项。
   • 差价计算依据：如商铺评估报告、市场价格调查等，用于证明差价的存在及具体数额。
   • 沟通记录：如双方就差价问题进行的协商、沟通记录，包括书面、邮件、短信等。

2. 确定诉讼请求：

   • 明确要求法院裁决的差价数额及支付方式。
   • 如存在其他相关诉求，如解除合同、赔偿损失等，也应一并提出。

3. 选择管辖法院：

   • 根据《民事诉讼法》的规定，因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。
   • 在本题中，可以选择商铺所在地（即合同履行地）的法院提起诉讼。

二、提起诉讼

1. 撰写起诉状：

   • 起诉状应包含原告、被告的基本信息、诉讼请求、事实与理由、证据及证据来源等内容。
   • 事实与理由部分应详细阐述双方共同购买商铺的情况、差价纠纷的产生及依据。

2. 提交起诉状及证据：

   • 将起诉状及收集到的证据一并提交给选定的法院。
   • 法院在收到起诉状后，会进行审查，符合立案条件的，会予以立案。

三、诉讼过程

1. 庭前准备：

   • 法院会安排庭前会议，双方可以交换证据、发表意见。
   • 原告应准备好庭审中的陈述及答辩材料。

2. 庭审：

   • 庭审中，双方应就各自的主张进行陈述、举证、质证及辩论。
   • 法院会根据双方提供的证据及庭审情况，对差价纠纷进行裁决。

3. 判决：

   • 法院在审理结束后，会作出判决，明确差价数额及支付方式。
   • 如一方对判决不服，可以在法定期限内提起上诉。

四、注意事项

1. 诉讼时效：

   • 根据《民法典》的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。
   • 原告应在知道或应当知道权利受到损害之日起三年内提起诉讼。

2. 证据充分性：

   • 原告应确保提供的证据充分、合法、有效，以支持其诉讼请求。
   • 如证据不足或存在瑕疵，可能会影响法院的裁决结果。

3. 法律适用：

   • 在诉讼过程中，应准确适用相关法律法规，如《民法典》中关于合同纠纷的规定。
   • 如对法律适用存在疑问，可以咨询专业律师或查阅相关法律资料。

建议：在提起诉讼前，建议双方先尝试通过协商、调解等方式解决差价纠纷，以节省诉讼成本和时间。如协商、调解无果，再考虑通过诉讼方式解决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。