结论：开了病假条公司是否扣工资，需视具体情况而定。在员工提供合法有效的病假条并按照公司规定流程请假的情况下，公司不应随意扣工资，而应依据劳动合同或国家相关规定支付病假工资或疾病救济费，且该费用通常不得低于当地最低工资标准的80%。然而，若存在未遵循公司请假流程、病假条有问题或超出法定医疗期等特殊情况，公司可能会根据规章制度和法律规定进行相应处理。
详细分析：
合法病假与工资支付：
- 根据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第59条，员工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期内，企业应按有关规定支付其病假工资或疾病救济费，且该费用不得低于当地最低工资标准的80%。这意味着，只要员工提供了医生开具的合法有效病假条，并遵循了公司的请假流程，公司就应当支付相应的病假工资。例如，若当地月最低工资标准为2000元，则员工病假期间工资最低不得少于1600元。
公司规定与劳动合同的重要性：
- 虽然国家有明确规定病假工资的支付标准，但具体数额还需参考劳动合同和公司的人事政策。不同用人单位可能会根据自身的经营状况、员工福利待遇等因素，制定具体的病假工资支付标准。有些企业可能选择全额支付员工病假期间的工资，而有些企业则可能根据员工的工作年限、病假时长等条件，设定不同的支付比例。因此，员工在请病假前，应仔细查阅自己的劳动合同和公司规定，了解病假工资的具体约定。
未遵循公司请假流程的后果：
- 如果员工虽然持有病假条，但未按照公司规章制度规定的流程请假（如未提前申请、未及时提交病假条等），公司可能会根据规章制度进行处理，包括扣除一定工资。不过，公司的规章制度必须符合法律规定，且需通过民主程序制定并向员工公示。因此，员工在请病假时，应确保遵循公司的请假流程，以避免不必要的纠纷。
病假条问题的处理：
- 如果病假条被证实是伪造的、不真实的，或者医生不具备开具病假条的资质，公司核实情况后，有权不支付病假工资，并可能根据公司规章制度和法律规定对员工进行处罚，甚至解除劳动合同。因此，员工应确保提供的病假条真实有效，并符合公司的要求。
超出法定医疗期的处理：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工的医疗期根据其实际参加工作年限和在本单位工作年限确定，为3个月到24个月不等。如果员工病假时间超过法定医疗期，且不能从事原工作或由用人单位另行安排的工作，公司可以解除劳动合同。在医疗期满后的病假期间，公司支付的待遇可能会降低甚至停止支付工资。因此，员工应了解自己的医疗期时长，并合理安排病假时间。
总结与建议：
员工在请病假时，应确保提供合法有效的病假条，并严格按照公司规定的流程请假。同时，建议员工在入职时就仔细阅读劳动合同和公司的人事政策，了解病假工资的具体约定。对于任何关于病假工资的疑问或争议，应及时与公司的人力资源部门沟通。若遇公司违规扣工资情况，员工可采取以下措施维护自身权益：首先尝试与公司协商，明确指出其行为不符合法律规定，要求公司按规定支付病假工资；若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令公司限期支付克扣的工资；员工还可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付克扣的工资及相应的经济补偿。
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