结论：上班迟到扣工资又让加班是否合法，需分情况讨论，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：
一、关于迟到扣工资
合法情形：
- 公司规章制度合法且已告知员工：如果公司的规章制度中明确规定了迟到扣工资的条款，并且该规章制度已经通过合法程序制定（如经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定），且已向员工公示或告知，那么公司依据规章制度对迟到员工进行扣工资，是合法的。
- 扣款合理且不超过法定限额：即使公司规章制度有规定，扣款也需合理，不能超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。这是根据《工资支付暂行规定》第十六条的规定，即“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付”。虽然该条款直接针对的是因劳动者原因造成经济损失的情况，但迟到扣工资在性质上可视为一种轻微的纪律处分，其扣款也应遵循类似的原则，即合理且不超过法定限额。
不合法情形：
- 公司规章制度未告知员工或制定程序不合法：如果公司没有将迟到扣工资的规章制度告知员工，或者该规章制度的制定程序不合法（如未经职工代表大会或全体职工讨论，未与工会或职工代表平等协商确定），那么公司依据该规章制度扣工资就是不合法的。
- 扣款不合理或超过法定限额：如果公司扣款不合理，或者扣款超过了员工当月工资的20%，或者扣除后的剩余工资低于当地最低工资标准，那么这种扣款也是不合法的。
二、关于让加班
合法情形：
- 员工同意且符合法定加班时长限制：根据《劳动法》第四十一条的规定，“用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时”。如果公司让员工加班，已经与员工协商一致，并且加班时长符合上述法定限制，那么这种加班是合法的。
- 存在法定加班情形：根据《劳动法》第四十二条的规定，存在某些特殊情形时（如发生自然灾害、事故或者因其他原因，威胁劳动者生命健康和财产安全，需要紧急处理的；生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障，影响生产和公众利益，必须及时抢修的等），用人单位可以不受第四十一条规定的限制延长工作时间。如果公司让员工加班属于这些法定情形之一，那么这种加班也是合法的。
不合法情形：
- 未经员工同意或超过法定加班时长限制：如果公司未经员工同意就强制要求加班，或者加班时长超过了法定限制，那么这种加班就是不合法的。
- 未支付加班费或支付不足：根据《劳动法》第四十四条的规定，“有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬”。如果公司让员工加班但未支付加班费或支付不足，那么这种加班也是不合法的。
三、综合判断
- 迟到扣工资与让加班的合法性需分别判断：迟到扣工资和让加班是两个独立的行为，它们的合法性需要分别根据上述标准进行判断。不能因为公司让加班就认为迟到扣工资也合法，也不能因为迟到扣工资就认为让加班也不合法。
- 整体行为需合法合规：即使迟到扣工资和让加班分别都合法，但如果公司的整体行为存在其他违法情形（如未签订劳动合同、未缴纳社会保险等），那么这种整体行为仍然是不合法的。
建议：如果你遇到了上班迟到扣工资又让加班的情况，可以先查看公司的规章制度是否合法且已告知你，同时了解加班是否经过你的同意且符合法定加班时长限制。如果公司的行为存在违法情形，你可以与公司协商解决；如果协商不成，你可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。