若工程审计中多收取了审计费，甲方有权要求返还多收部分，并可追究相关责任方的违约或侵权责任，具体责任需根据合同约定和实际情况确定。以下从不同角度展开分析：

1. 合同角度的责任分析
   若甲方与审计方签订的合同中明确约定了审计费的计算方式、支付条件及违约责任（如多收费用的返还、违约金条款等），则甲方可直接依据合同条款要求审计方返还多收费用。若审计方拒绝返还，甲方可通过诉讼或仲裁主张权利，并要求其承担合同约定的违约责任（如支付违约金、赔偿损失等）。
   法律依据：根据《民法典》第577条，当事人一方不履行合同义务或履行不符合约定的，应承担继续履行、采取补救措施或赔偿损失等违约责任。

2. 侵权角度的责任分析
   若审计方通过虚构费用、重复计算等欺诈手段多收费用，可能构成侵权（如欺诈或不当得利）。此时甲方可要求审计方返还多收费用，并主张赔偿因多收费导致的直接损失（如资金占用利息、额外支付的成本等）。若欺诈行为情节严重，甲方还可向市场监管部门举报或报警处理。
   法律依据：根据《民法典》第122条，因他人没有法律根据取得不当利益的，受损失的人有权请求其返还不当利益。

3. 甲方内部管理责任
   若甲方因自身管理疏漏（如未严格审核审计报告、未留存费用计算依据等）导致多付费用，可能需承担部分内部管理责任，但不影响其对外向审计方追偿的权利。建议甲方完善费用审核流程，要求审计方提供详细费用清单及计算依据，避免类似问题再次发生。

建议行动步骤：

1. 立即核对审计合同、费用清单及支付凭证，确认多收费用的具体金额及计算依据；
   
2. 与审计方书面沟通，要求其说明费用构成并返还多收部分；
   
3. 若协商无果，可委托律师发送律师函或直接提起诉讼/仲裁；
   
4. 同步审查内部费用审核流程，完善风险防控机制。
   

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