当工程审计结果乙方有异议时，甲方可以采取以下措施来应对：

1. 核实异议内容：

   • 甲方首先应当仔细审查乙方提出的异议内容，明确异议的具体点、依据以及可能的影响。这有助于甲方更准确地理解乙方的立场，为后续沟通或处理提供基础。

2. 与乙方沟通协商：

   • 在核实异议内容后，甲方应主动与乙方进行沟通，了解乙方提出异议的具体原因和背景。通过友好协商，双方可以尝试达成共识，对审计结果进行必要的调整或解释。
   • 沟通要点：保持冷静和理性，避免情绪化交流；明确双方的权利和义务，依据合同条款进行讨论；寻求双方都能接受的解决方案。

3. 审查审计过程和依据：

   • 如果沟通协商未能达成一致，甲方应进一步审查审计过程和依据，确保审计工作的合规性和准确性。这包括检查审计方法、数据来源、计算过程等是否符合相关法律法规和合同约定。
   • 审查重点：审计程序是否合法合规；审计数据是否真实可靠；审计结论是否客观公正。

4. 考虑第三方复审或鉴定：

   • 如果甲方认为审计结果确实存在问题，或者乙方坚持异议且双方无法达成一致，甲方可以考虑邀请第三方机构进行复审或鉴定。第三方机构应具有相应的资质和经验，能够提供客观、公正的复审或鉴定意见。
   • 选择第三方机构：确保第三方机构具有独立性、专业性和权威性；与第三方机构明确复审或鉴定的范围、方法和期限；根据复审或鉴定结果进行相应处理。

5. 依据合同条款处理：

   • 在处理乙方异议时，甲方应始终依据合同条款进行。合同中通常会规定审计结果的确认程序、异议处理方式以及争议解决机制等。甲方应充分利用合同条款来维护自己的合法权益。
   • 合同条款应用：明确合同中关于审计结果确认和异议处理的具体规定；按照合同规定的程序和时间节点进行处理；如果合同中有争议解决条款（如仲裁或诉讼），应考虑是否启动相应程序。

6. 法律途径解决争议：

   • 如果双方无法通过沟通协商、第三方复审或鉴定等方式解决争议，甲方可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。这包括向法院提起诉讼或申请仲裁等。
   • 法律途径选择：根据合同约定和实际情况选择合适的争议解决方式；准备充分的证据材料以支持自己的主张；遵循法律程序和规定进行诉讼或仲裁活动。

在处理过程中，甲方还需要注意以下几点：

• 保持冷静和理性：避免情绪化交流或行为，以免加剧矛盾或影响处理效果。
• 及时记录和处理：对乙方的异议和甲方的处理过程进行及时记录，确保有据可查。
• 寻求专业支持：如果处理过程中遇到复杂或疑难问题，甲方可以寻求专业律师或咨询机构的支持。

最后，建议甲方在处理此类问题时保持开放和合作的态度，积极寻求双方都能接受的解决方案。如果确实无法达成一致，再考虑通过法律途径来维护自己的权益。有问题可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。