合作建房转让股权本身并不直接构成犯罪，但其合法性及是否涉及犯罪需根据具体情况来判断。以下从不同角度进行分析：
一、合作建房与股权转让的合法性
合作建房合同的合法性：
- 合作建房合同是否合法，主要取决于合同双方是否具备相应的资质以及合同内容是否违反法律法规。若双方均不具备房地产开发经营资质，则合同可能无效；若一方或双方具备房地产开发经营资质，或依法合作成立具有房地产开发经营资质的企业，则合同可能有效。
- 此外，若合作建房涉及小产权房（即未经过国家相关部门审批，建设在租用土地或非法侵占的土地上，不能取得国家承认的房屋所有权证的房屋），则因小产权房本身不合法，基于小产权房的合作建房合同很可能因违反法律法规而无效。
股权转让的合法性：
- 股权转让需遵循《中华人民共和国公司法》的相关规定，包括转让程序、公司义务等。若股权转让过程未违反这些规定，且双方自愿协商一致，则股权转让通常是有效的。
- 私下转让股权（即不经过公司其他股东同意或未按照法定程序进行的股权转让）的合法性取决于是否违反了相关法律法规或公司的管理章程。若未违反，且双方自愿协商一致，则私下转让股权通常是有效的；但若违反，则可能被视为不合法。
二、合作建房转让股权可能涉及的犯罪
侵占罪：
- 若代持人未经实际出资人同意，擅自变卖合作建房项目中的股权，并将所得款项非法占为己有，数额较大且拒不退还，则可能构成侵占罪。根据《中华人民共和国刑法》第二百七十条，侵占罪是指以非法占有为目的，将代为保管的他人财物非法占为己有，数额较大，拒不退还的行为。
职务侵占罪：
- 若合作建房项目中的股权由公司员工代持，且该员工利用职务上的便利，将代持的股权擅自变卖并占为己有，数额较大，则可能构成职务侵占罪。职务侵占罪与侵占罪的区别在于，职务侵占罪的主体是公司、企业或者其他单位的工作人员，且利用了职务上的便利。
合同诈骗罪：
- 若在合作建房或股权转让过程中，一方以非法占有为目的，通过虚构事实、隐瞒真相的方式骗取对方财物，数额较大，则可能构成合同诈骗罪。例如，一方虚构合作建房项目或股权转让的事实，骗取对方资金后逃匿。
三、法律建议
确保合作建房合同的合法性：
- 在签订合作建房合同前，应仔细审查合同双方的资质和合同内容，确保合同不违反法律法规。
- 避免参与基于小产权房的合作建房项目，以降低法律风险。
遵循股权转让的法定程序：
- 在进行股权转让时，应遵循《中华人民共和国公司法》的相关规定，包括转让程序、公司义务等。
- 若涉及私下转让股权，应确保不违反相关法律法规或公司的管理章程，并尽量获得公司其他股东的同意。
加强风险防范意识：
- 在合作建房和股权转让过程中，应加强风险防范意识，对对方的资质和信誉进行充分调查。
- 签订合同时，应明确双方的权利和义务，以及违约责任和争议解决方式。
及时寻求法律帮助：
- 若在合作建房或股权转让过程中遇到法律问题或纠纷，应及时寻求专业律师的帮助，以维护自身合法权益。
总之，合作建房转让股权本身并不直接构成犯罪，但其合法性及是否涉及犯罪需根据具体情况来判断。在参与合作建房和股权转让时，应确保合同的合法性、遵循法定程序、加强风险防范意识，并在遇到法律问题时及时寻求法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。