结论：协商还款后银行行使抵销权多扣的钱，在符合法律规定和合同约定的情况下，银行应当退还。但具体是否退还以及退还的流程，需根据实际情况和法律规定进行判断。

分析说明：

1. 抵销权的行使条件：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，抵销权是指当事人互负债务，该债务的标的物种类、品质相同的，任何一方可以将自己的债务与对方的到期债务抵销。在债务债权关系中，如果银行与借款人之间存在互负债务的情况，且符合抵销权的行使条件，银行有权行使抵销权。

2. 多扣款项的退还：

   • 如果银行在行使抵销权时，多扣了借款人的款项，这通常意味着银行在抵销过程中超出了其应抵销的债务范围。在这种情况下，银行多扣的部分构成了对借款人的不当得利。
   • 根据《中华人民共和国民法典》中关于不当得利的规定，受损失的人有权请求得利人返还取得的利益。因此，借款人有权要求银行退还多扣的款项。

3. 实际操作中的考虑：

   • 合同约定：首先，需要查看借款合同中是否有关于抵销权行使和多扣款项退还的具体约定。如果合同中有明确规定，那么应按照合同约定执行。
   • 沟通协商：如果合同中没有明确规定，借款人可以与银行进行沟通协商，要求银行退还多扣的款项。在协商过程中，借款人可以提供相关证据，如银行流水、还款记录等，以证明银行多扣了款项。
   • 法律途径：如果银行拒绝退还多扣的款项，借款人可以通过法律途径来维护自己的权益。例如，可以向法院提起诉讼，要求银行退还多扣的款项并承担相应的法律责任。

特殊场景：

• 如果银行在行使抵销权时，由于系统错误或操作失误导致多扣了款项，银行在发现后应主动退还多扣的部分，并可能需要对借款人进行相应的赔偿。
• 如果借款人认为银行在行使抵销权时存在违法行为或不当行为，如未经借款人同意擅自扣款等，借款人也可以向相关监管部门投诉或寻求法律援助。

行动建议：

• 如果您发现银行在协商还款后行使抵销权多扣了款项，首先应与银行进行沟通协商，要求银行退还多扣的部分。
• 如果银行拒绝退还或您对银行的解释不满意，您可以考虑咨询专业律师（即向我咨询），了解您的法律权益和可能的维权途径。
• 在整个过程中，建议您保留好相关证据，如银行流水、还款记录、沟通记录等，以便在需要时提供证明。