集团内部往来款亏空是否可以起诉，需分情况讨论，关键在于亏空性质、证据充分性及法律关系是否明确。具体分析如下：

1. 若亏空因合同违约或侵权行为导致
   若往来款亏空是因一方未履行合同义务（如未按时付款、未交付货物）或存在侵权行为（如挪用资金、虚假交易），受损方可依据《民法典》合同编或侵权责任编，以“违约纠纷”或“侵权纠纷”为由起诉。例如：子公司未按协议归还借款，母公司可起诉要求还款；员工利用职务便利侵占往来款，公司可起诉其返还并赔偿损失。
   关键点：需证明合同关系或侵权事实存在（如书面协议、转账记录、审计报告等），且亏空与对方行为直接相关。

2. 若亏空涉及公司内部治理问题（如股东滥用权利）
   若亏空是因控股股东、实际控制人通过关联交易、资金占用等方式损害公司利益，其他股东可依据《公司法》第21条（关联交易损害赔偿）、第151条（股东代表诉讼）提起诉讼。例如：大股东通过内部往来转移公司资产，小股东可代表公司起诉大股东赔偿。
   关键点：需证明股东存在“滥用权利”行为（如交易价格明显不公、未履行决策程序），且损害了公司或其他股东利益。

3. 若亏空因刑事犯罪导致（如职务侵占、挪用资金）
   若往来款亏空涉及员工或高管利用职务便利，将公司资金非法占为己有或挪作他用，且数额较大，可能构成职务侵占罪或挪用资金罪。此时，公司可向公安机关报案，追究犯罪嫌疑人刑事责任，同时可提起刑事附带民事诉讼，要求返还资金并赔偿损失。
   关键点：需达到刑事立案标准（如职务侵占罪立案标准为6万元以上），且证据充分（如审计报告、资金流向证明、嫌疑人供述等）。

4. 若亏空因正常经营风险或合同约定免责导致
   若往来款亏空是因市场波动、合作方破产等不可抗力或商业风险导致，且合同中明确约定了免责条款（如“因市场变化导致的损失由各方自行承担”），则可能无法通过诉讼追责。此时需审查合同条款及亏空原因，判断是否符合免责条件。
   关键点：需证明亏空属于合同约定的免责范围，且己方无过错（如未违反合同义务）。

行动建议：

• 立即固定证据（如往来账目、合同、沟通记录、审计报告等）；
  
• 分析亏空原因，判断是民事纠纷还是刑事犯罪；
  
• 根据法律关系选择合适路径：民事诉讼（合同/侵权/股东代表诉讼）或刑事报案；
  
• 若涉及集团内部复杂关系，建议同步梳理公司治理结构，防范后续风险。
  

如有具体案件细节（如亏空金额、涉及主体、交易模式等），可进一步向我咨询，我会结合证据和法律条款为您制定详细方案。